Кир, пригласив флотоводца в Сарды, дал денег и порекомендовал не вступать в сражение, пока он не приведет кораблей из Финикии и Киликии. Он доверил Лисандру управление и сбор податей с городов.
Узнав о том, что берегов Гелеспонта (Дарданелл) афиняне не охраняют, в 405 году Лисандр повел флот и взял союзный Афинам город Лампсак. Однако к устью пролива подошел афинский флот со 180 боевыми кораблями. Пополнив запас продовольствия, афиняне расположились в устье реки Эсгопотамы.
Лисандр избрал своеобразную тактику. В течение дня афиняне выманивали противника в море. Спартанцы спокойно ожидали атаки. Так же Лисандр действовал и в следующие дни. Афиняне, убежденные в слабости противника, потеряли осторожность. На пятый день они высадились при Эсгопотамах, а посланные Лисандром быстроходные суда, подняв на мачту блестящий щит, подали сигнал о том, что все сошли на берег, спартанский полководец спешно направился к месту афинской стоянки. Расстояние в 15 стадиев (менее трех километров) суда прошли быстро.
В итоге смогли спастись только быстроходный государственный корабль «Парал», поплывший в Афины, и 8 кораблей Конона, направившиеся к Кипру. Лисандр торжественно привел трофейные суда к Лампсаку, где 3000 пленных афинян были казнены.
Вскоре Лисандр сообщил в Спарту, что с двумя сотнями кораблей идет на Афины. Под стенами города уже стояла большая пелопоннесская армия. Осажденный с моря и суши город страдал от голода. В 404 году город капитулировал. Лисандр посадил в городе правительство Тридцати тиранов, которые истребляли сторонников демократии.
Доставив в Спарту многочисленную добычу, в том числе золотые и серебряные деньги, стратег возбудил среди части спартанцев страсть к наживе. Сам он богатств не скопил, все добытое отдавал на государственные нужды. Но с этого времени Лисандр, видя уважение к себе и даже преклонение, стал проявлять заносчивость и самонадеянность. Он был коварен и жесток с побежденными. В конце концов после жалобы перса Фарнабаза на грабежи войск Лисандра в его владениях полководца вызвали в Спарту.
После встречи с эфорами Лисандр получил разрешение отправиться на поклонение храму Аммона. На самом деле он уходил из-под власти Спарты. Встревоженные его отъездом цари, опасаясь, что Лисандр воспользуется созданными им по всей Греции тайными обществами, организовали контрперевороты, чтобы изгнать сторонников стратега. В первую очередь афиняне ликвидировали в 403 году Совет тридцати. Вернувшийся Лисандр убедил лакедемонян в необходимости помочь олигархам. Он предпочитал действовать силой оружия.
Добившись того, что новым царем избрали Агесилая, Лисандр уговорил его идти воевать с варварами в Азии. Авторитет полководца оказался столь велик, что Агесилай оказался как бы в его тени.
Без финансовой поддержки Персии спартанцы не смогли выстроить новый флот, разбитый афинянами в 395 году. Так, оставив флот без талантливого флотоводца, Агесилай заложил основу будущих поражений Спарты от воссозданного Афинского морского союза.
Лисандр в ходе коринфской войны организовал поход против Фив, активных сторонников афинской демократии. Он погиб в бою под городом Галиартом (Алиартос) в 395 году до н. э. и был похоронен за границей Беотии, на земле союзного города Панопея.
