Многое в его убеждениях и действиях можно объяснить характером полученного им образования. Иннокентий III подкреплял свои притязания ссылками на юридические сборники, в которых сторонники папства собирали документы, говорившие в его пользу.
Подобно большинству политиков своего времени он был убежден в необходимости подчинить христианский мир папской власти.
В феврале 1198 года, то есть через месяц после избрания, Иннокентий III взял с префекта клятву верности и дал ему инвеституру. В том же году он подчинил себе коммуну, во главе которой стоял «высший сенатор». Папа добился права назначать магистра. Муниципалитет был сохранен, но теперь подчинялся верховной власти папы.
Иннокентий обратился с посланием к ряду итальянских коммун и областей, в котором говорилось о «зверской» («германской») расе, стремившейся к господству над Италией. Особенно подробно папа описывал зверства Генриха VI в Сицилии, где, как он утверждал, нет ни одной семьи, которая «не стала бы жертвой этого тирана».
Однако итальянские города-коммуны отвергали не только императорскую власть, но и папскую. Иннокентий подвел это движение под категорию ереси, опасной для католической веры. Ряду городов была объявлена война, и если она не приняла в Италии широкого размаха, то лишь потому, что папа опасался, как бы эти города не обратились за помощью к императору.
Между тем Флоренция, Сиена, Лукка, Вольтерра, Ареццо, Прато и другие города еще в 1197 году образовали Лигу, дружественную папству и враждебную империи. Иннокентий одобрил ее; он вернул себе те домены, которые принадлежали в этих областях графине Матильде, организовал их администрацию и обеспечил их защиту.
После того как при помощи папы с юга Сицилии были изгнаны германцы, Констанция, вдова Генриха VI и наследница Сицилийского королевства, в ноябре 1198 года поручила Иннокентию III опеку над своим малолетним сыном Фридрихом. Чтобы обеспечить последнему сицилийскую корону, она от его имени отказалась от прав на Германию и Священную Римскую империю.
Не менее искусную дипломатическую игру папа вел во время борьбы за императорский престол между Гогенштауфенами и Вельфами, развернувшейся в 1198–1209 годах.
В борьбе за трон соперничали две партии: одна избрала Филиппа Швабского, брата Генриха VI, другая – Вельфа Оттона Брауншвейгского, сына Генриха Льва. На стороне Филиппа Швабского были воспоминания о его предках-императорах, их владения, поддержка большей части князей и французского короля Филиппа-Августа. Среди влиятельных покровителей у Оттона был только его дядя Ричард Львиное Сердце, поэтому он старался приобрести расположение папы.
Папа решил выступить в роли судьи в этом споре. Иннокентий «освобождал» князей, епископов и даже отдельных горожан от присяги императору и призывал всех поддерживать лишь того кандидата, который признает за папством право утверждения и даже избрания германского императора.
Иннокентий выступил против Филиппа Швабского под предлогом заботы папства о «свободе» германского народа. Если Филипп станет императором, утверждал Иннокентий, то в Германии упрочится династия Гогенштауфенов и «свобода Германии», заключающаяся в праве князей избирать по собственной воле императора, погибнет и уступит место наследственной монархии, что явится смертельным ударом для германской свободы.
В марте 1201 года Иннокентий призвал признать императором Оттона Брауншвейгского и освободил от клятвы верности приверженцев Филиппа. Оттон в ответ поклялся сохранять в целости «владения, регалии и права Римской церкви», в том числе и наследство Матильды.
