Экономическое положение изменилось лишь после причисления Академии художеств в 1812 году к министерству народного просвещения. Министерство изыскало средства для уплаты значительных долгов академии и на постройку новых зданий при академии. Однако на учебный процесс подготовки художников все эти изменения никак не повлияли.
С 1817 года президентом академии стал первый директор Императорской публичной библиотеки Алексей Николаевич Оленин. Но, занятый многими другими государственными и общественными делами, Алексей Николаевич лишь издал «Краткое историческое сведение о состоянии Императорской академии художеств с 1764–1829 г.».
Резкие изменения в жизни Академии художеств начались после передачи её в ведение министерства императорского двора.
Например, для пансионеров (стажёров), отправлявшихся за границу, в Риме было открыто попечительство. Были приняты новые правила выбора преподавателей.
В 1859 году, уже при Александре II, был принят новый Устав. Были организованы два отделения: по живописи и скульптуре, другое – архитектуры. Общие науки, на которые до тех пор обращалось немного внимания, заняли почётное место в обоих отделениях. Для архитекторов введено преподавание математики, физики и химии. Также было установлено три степени звания классных художников. Получивший первую золотую медаль приобретал вместе со званием классного художника 1-й степени чин Х класса и право быть посланным за границу.
В ноябре 1863 года случился так называемый бунт четырнадцати. Это были самые успешные ученики, допущенные к соревнованию за первую золотую медаль. И вот они-то и обратились в совет академии с просьбой заменить конкурсное задание. Вместо написания картины по заданному сюжету из скандинавской мифологии «Пир бога Одина в Валгале» они просили разрешить выбрать свободную тему. После отказа совета все 14 человек покинули академию. Именно они организовали «Товарищество передвижных художественных выставок» и остались в истории как передвижники.
В конце XIX века, кроме подготовки художников, академия проводила периодические выставки картин и открыла для широкой публики художественный музей.
В 1918 году указом совнаркома Академия художеств была полностью упразднена, а академический музей перестал функционировать. Высшее художественное училище при императорской Академии художеств преобразовано в ПГСХУМ – Петроградские государственные свободные художественно-учебные мастерские, в 1921 году переименованы в Петроградские государственные художественно-учебные мастерские, в 1928 году преобразованы в Высший художественно-технический институт (ВХУТЕИН). В 1930 году ВХУТЕИН реорганизован в Институт пролетарского изобразительного искусства (ИНПИИ). В 1932 году ИНПИИ стал Ленинградским институтом живописи, скульптуры и архитектуры, которому в 1944 году было присвоено имя Ильи Ефимовича Репина.
До сих пор здание Академии художеств доминирует в застройке Университетской набережной и является одним из первых в Санкт-Петербурге памятников архитектуры переходного периода от барокко к классицизму.
Сейчас в этом здании расположен Санкт-Петербургский государственный академический институт живописи, скульптуры и архитектуры имени И.Е. Репина, а также Научно-исследовательский музей Российской академии художеств – старейший художественный музей России, созданный одновременно с Российской академией художеств. А также в здании располагаются архив, библиотека, лаборатории и мастерские.
