16 сентября флотилия Хокинса вошла в порт, а утром 17 сентября у входа в гавань неожиданно показался испанский «серебряный флот» – 13 торговых судов, сопровождаемых 2 военными галеонами. Хокинс оказался в трудном положении. Увидев эскадру, он решил, что она была послана специально для его уничтожения. На самом деле это был флот Новой Испании под командованием дона Франсиско де Луксана, не имевший для своей охраны ничего, кроме капитаны и альмиранты. На одном из кораблей находился новый вице-король Новой Испании дон Мартин Энрикес.
Хокинс решил вступить в переговоры с вице-королем, который, обнаружив в гавани английские суда, стал в трех лигах мористее. Стороны сошлись на следующем: англичанам было позволено отремонтировать суда и закупить провиант; они оставались во владении островом Улуа внутри гавани и сохраняли на нем 11 бронзовых пушек; ни один испанец не мог сойти на берег с каким-либо оружием.
В понедельник вечером испанцы снялись с якорей и стали на ночь на внешней стороне порта. На следующее утро они вошли в гавань, и оба флота салютовали друг другу. Дон Мартин, однако, не сдержал своего обещания и предпринял попытку захватить английские суда. Разыгралось жестокое сражение, в ходе которого англичане были разбиты и потеряли большую часть своей флотилии. Спаслись только «Миньон», на который с «Иисуса» перебрался Хокинс, и «Джудит», находившийся под командованием Дрейка.
«Джудит» вернулся в Плимут 20 января 1569 года. Пять дней спустя, 25 января, в Маунтс-Бей прибыл и «Миньон». Уильям Хокинс тут же отправил к брату помощь, чтобы привести его судно в Плимут. Сокровища, которые он привез, были отправлены в Лондон под надежной охраной.
В 1588 году Джон Хокинс принял участие в разгроме Испанской армады, командуя кораблем «Виктори». В ранге контр-адмирала флота он был членом военного совета и отличился в сражениях с кораблями армады у Плимута, близ Портленда, у острова Уайт, близ Кале и при Гравелине. После сражения у острова Уайт, в пятницу 5 августа 1588 года, лорд-адмирал Англии сэр Чарлз Хоуард возвел в рыцари лучших капитанов своего флота, в том числе и Хокинса.
В 1590 году наш герой в компании с известным мореплавателем и пиратом Мартином Фробишером совершил корсарскую экспедицию к Азорским островам. В том же году вместе с Дрейком он основал богадельню для больных и состарившихся моряков (существует и поныне), которая в 1592 году была дополнена больницей, а в 1594 году – госпиталем сэра Джона Хокинса.
В 1591 году умерла его первая жена, и сэр Джон, погоревав, рискнул жениться во второй раз – его новой супругой стала Маргарет Воан.
Свою последнюю антииспанскую экспедицию Хокинс предпринял в 1595 году в компании с Дрейком. Купцы из Сити вложили в предприятие 60 тыс. фунтов стерлингов и снарядили 21 корабль. Флотилия покинула Плимут 29 августа и в сентябре попыталась захватить город Лас-Пальмас на Канарских островах. После провала этой затеи Дрейк и Хокинс взяли курс на Вест-Индию, чтобы атаковать город Сан-Хуан на острове Пуэрто-Рико. 12 ноября, в три часа пополудни, когда корабли подошли к Сан-Хуану, тяжело болевший Джон Хокинс скончался на борту своего корабля «Гарланд». Умирая, он завещал 2 тыс. фунтов стерлингов королеве Елизавете для компенсации ее возможных потерь от этой экспедиции, а «моему дорогому кузену сэру Фрэнсису Дрейку – мой лучший бриллиант и крест с изумрудом».
