В Русско-шведскую войну 1808–1809 годов состоял адъютантом при генерале Барклае де Толли. По его поручению вел переговоры со шведами. В 1809 году был отмечен Барклаем де Толли «за проявленную храбрость в боях со шведами и высокие навыки штабной работы». Именно возвышением Барклая де Толли и его личной благосклонностью к своему адъютанту были обусловлены служебный рост Воейкова и его перевод в Военное министерство в звании плац-майора. 1 января 1810 года Воейков получил чин полковника, а через несколько месяцев был назначен флигель-адъютантом императора Александра I.
В августе 1810 года, сумев проявить именно те качества, которые особенно ценил в нем военный министр, флигель-адъютант полковник Воейков был назначен руководителем военной разведки России – Экспедиции секретных дел. Следует отметить, что именно с этих позиций А. В. Воейков активно способствовал назначению в 1811 году Михаила Кутузова главнокомандующим Дунайской армии.
В марте 1811 года в дополнение к занимаемым постам Воейков был назначен редактором комиссии по составлению воинских уставов и Уложения. Работая в комиссии, он сблизился с будущим видным российским государственным деятелем, генерал-губернатором Сибири и членом Государственного совета Михаилом Сперанским, являвшимся в то время директором одного из департаментов Министерства внутренних дел. Однако в марте 1812 года Сперанский попал в опалу и по указанию императора был отправлен в ссылку в Пермь. А Воейков, из-за близости к Сперанскому, был переведен из министерства и в марте 1812 года назначен командиром 3-й егерской бригады 27-й пехотной дивизии.
В должности командира бригады Воейков принимал активное участие в Отечественной войне 1812 года. Сражался под Красным, Смоленском, Шевардином. В Бородинском сражении его бригада находилась в составе передового отряда. За отличие в этом сражении Воейков был произведен в генерал-майоры.
В ходе Заграничного похода 1813–1814 годов генерал-майор Воейков был ранен в правую руку навылет в бою при Кайзерсвальде. За храбрость был награжден золотой шпагой с бриллиантами.
17 июня 1815 года Алексей Васильевич вышел в «отставку с мундиром» и поселился с семьей в тамбовском имении Ольшанка. Скончался 22 июня 1825 года в своем родовом селе Рассказово под Тамбовом. Похоронен в Трегуляевском Предтеченском монастыре.
За период военной службы А. В. Воейков был награжден четырьмя российскими и несколькими иностранными орденами, а также двумя золотыми шпагами.
Следует также отметить, что Алексей Воейков был хорошо известен как поэт и переводчик. Во время учебы и несколько позже он занимался переводами прозы немецких авторов, которые были опубликованы в столичных журналах. Его собственные поэтические и литературные произведения (оды, стихотворения, статьи) публиковались в российских журналах и сборниках. Алексей Воейков состоял в переписке с Г. Р. Державиным и поэтами – членами его литературного общества.
21 марта 1812 года Алексея Васильевича Воейкова на посту директора «Особенной канцелярии при военном министре» сменил полковник Арсений Андреевич Закревский. Новый руководитель русской военной разведки и контрразведки прошел хорошую боевую школу в последних войнах России с Францией, Швецией и Турцией и зарекомендовал себя как отличный штабной офицер.
Арсений Закревский родился 13 сентября 1783 года в селе Берниково Зубцовского уезда Тверской губернии. Из дворянского рода польского происхождения. Сын мелкопоместного дворянина Тверской губернии, поручика в отставке.
