И в военной разведке Артузов уделял первостепенное внимание работе с нелегальных позиций. В 1935 году по его предложению за рубеж был командирован разведчик-нелегал Ян Черняк. В течение двенадцати лет он возглавлял крупную агентурную сеть, охватывавшую ряд стран Европы. Уже в наше время он был удостоен звания Героя России. Именно Артузов принял в Разведупр легендарного военного разведчика Хаджи-Умара Мамсурова («Ксанти»), отличившегося позднее в Испании. В тот же период нелегальным военным разведчиком стал знаменитый Шандор Радо, обосновавшийся в Швейцарии под псевдонимом «Дора», от которого в годы Великой Отечественной войны поступала ценная стратегическая информация по Германии и Италии. На период работы Артузова в военной разведке приходится активизация деятельности Леопольда Треппера, создавшего разветвленную разведывательную сеть в Бельгии и во Франции. Наконец, Артур Христианович был «крестным отцом» выдающегося разведчика-нелегала Рихарда Зорге («Рамзая»), работавшего в Китае и Японии и в 1963 году удостоенного звания Героя Советского Союза (посмертно).
Список имен прославленных разведчиков, таланты которых сумел разглядеть Артузов, можно было бы продолжить. Однако даже простое перечисление этих бойцов «невидимого фронта», вошедших в золотой фонд как политической, так и военной разведок нашей страны, говорит о незаурядном уме и высоком профессионализме мастера разведки, каковым с полным основанием можно считать чекиста Артура Христиановича Артузова. Он умел создавать задел на перспективу. В суровые годы Второй мировой войны именно от этих людей поступала ценнейшая военная и политическая информация, в том числе по атомному оружию. Именно поэтому Артузов в своей профессии не имеет себе равных среди руководителей разведок всех стран.
Однако положение Артузова в Разведупре, несмотря на его успешную деятельность, было непрочным. Нарком обороны Ворошилов с подозрением относился к нему и другим чекистам, пришедшим в военную разведку, считая, что они подосланы Сталиным для наблюдения за ним. Началось неприкрытое выживание Артузова и других бывших сотрудников НКВД из военной разведки.
11 января 1937 года по предложению Ворошилова Политбюро приняло решение освободить Артузова и Штейнбрюка от работы в военной разведке и направить их в распоряжение кадров НКВД. Несколько позже из Разведупра были удалены и другие чекисты, пришедшие туда вместе с Артузовым.
На Лубянке Артузов оказался не у дел, а его уникальный разведывательный опыт невостребованным. Первоначально его направили в архивное подразделение – якобы для написания книги, приуроченной к 20-й годовщине органов государственной безопасности.
В ночь на 13 мая 1937 года Артур Артузов был арестован в своем служебном кабинете. Незадолго до своего ареста, выступая на партийном активе НКВД, Артур Христианович заявил:
«При установившемся после смерти Менжинского фельдфебельском стиле руководства отдельные чекисты и даже целые звенья нашей организации вступили на опаснейший путь превращения в простых техников аппарата внутреннего ведомства со всеми недостатками, ставящими нас на одну доску с презренными охранками капиталистов».
«Простые техники» такого простить Артузову не смогли. Уже на следующий день после ареста началось «следствие» по его делу, которое закончилось 15 августа 1937 года. Артузов обвинялся по 58-й статье, точнее, по тому из ее пунктов, где говорилось о «контрреволюционных преступлениях» и «шпионаже», а также в принадлежности к «антисоветской организации правых, действовавшей в НКВД и возглавляемой Ягодой».
