Войска противников тем временем сосредоточились в Мегиддо, намереваясь удержать сей важный пункт на северных склонах тех же гор. Таким образом, египетской армии предстояло преодолеть горный хребет.
Через Кармельский хребет вели три дороги. Кратчайший, средний путь был узкой тропой. Широкие дороги вправо и влево от нее выходили соответственно к юго-восточной и северо-западной окраинам Мегиддо. Многие египетские военачальники опасались идти средним путем. Они боялись, что при движении гуськом авангард армии уже столкнется с соперником, в то время как арьергард еще только вступит на тропу. Однако фараон решил рискнуть и лично возглавил колонну, двигающуюся самым коротким путем.
13 мая голова колонны достигла Аруна – пункта на горном хребте. На следующий день войска двинулись дальше, сбили передовые части противника и вышли в долину Ездраелон, где могли развернуться для боя. Тутмос по настоятельной просьбе своих офицеров приказал не вступать в сражение до того, как войско соберется полностью. Армия же антиегипетской коалиции проявила себя в это время на удивление пассивно и сама не спешила начать битву. Историки предполагают, что главные силы коалиции находились в это время в районе Таанах, преграждая наиболее удобный путь к крепости Мегиддо. По всей видимости, переход армии Тутмоса через горы они считали вариантом маловероятным, а потому не смогли вовремя отреагировать на появление египтян.
Лагерь египетского войска был разбит на берегу ручья Кины. В ночь на 15 мая Тутмос продвинул левое крыло армии к дороге на Зефти, перерезав таким образом противнику путь отступления на север.
Утром же египетское войско было готово к бою. Боевой порядок состоял из трех частей: центр находился на левом берегу Кины; правый фланг – на высоте, на правом берегу; левое крыло – на высотах северо-западнее Мегиддо. Войска противника сосредоточились на подступах к Мегиддо юго-западнее крепости.
Согласно хроникам Тутмос находился в центре своей армии и на боевой колеснице первым бросился в бой. «Фараон сам вел свою армию, мощный во главе ее, подобный языку пламени, фараон, работающий своим мечом. Он двинулся вперед, ни с кем не сравнимый, убивая варваров». Войско защитников Мегиддо было обращено в бегство. Но египтяне не взяли с ходу город, будучи занятыми грабежом захваченного лагеря. «Тогда были захвачены их лошади, колесницы из золота и серебра составили добычу… Их бойцы лежали распростертыми, как рыбы, на земле. Победоносная армия его величества обходила кругом, считая добычу и свои доли. И вот была захвачена палатка того презренного врага [царя Кадеша], в которой находился его сын… Вся армия ликовала, воздавая хвалу Амону за победу, дарованную им своему сыну [Тутмосу]… Они принесли добычу, которую они взяли, состоящую из рук (отрезанных у убитых), живых пленников, лошадей, колесниц, золота и серебра».
Цари Кадеша и Мегиддо и их союзники были затащены гарнизоном на крепостную стену, ворота были закрыты.
Тутмос приступил к осаде города, вокруг него была сооружена ограда из огромных древесных стволов. Египтяне назвали осадную стену «Тутмос, осаждающий азиатов» – согласно обычаю называть всякое сооружение фараона его именем. Никого из города не подпускали даже близко к линиям обложения, разве только если он шел сдаваться. Впрочем, царю Кадеша все-таки удалось бежать.
Пока продолжалась осада, царьки, которым посчастливилось не быть запертыми в городе, поспешили заключить мир с раздраженным фараоном. «Азиаты из всех областей пришли со склоненной головой, заявляя покорность славе его величества».
