Мэрия игнорировала все решения городской представительной власти. Моссовет, отвергший назначение Юрия Лужкова главой городской администрации как незаконное, выразил ему недоверие еще и как вице-мэру и назначил новые выборы мэра. (По закону в этом случае Лужков должен был сложить полномочия в двухнедельный срок – до 9 июля. Но Лужков, по заявлению его управделами, в отставку не собирался.) Опираясь на вступивший в силу в апреле Закон «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации», Моссовет активизировал попытки вернуть себе власть, узурпированную, как считали депутаты, бывшим горисполкомом (именуемым мэрией). Депутаты заявляли, что администрация систематически нарушала Конституцию и законы. Звучали и обвинения в коррупции: по словам зампреда комиссии по законности Виктора Кузина, «миллиард рублей гуманитарной помощи уворован у города по вине мэрии». Моссовет также ходатайствовал перед генпрокурором о возбуждении уголовного дела «по фактам противозаконных действий администрации города Москвы», в коих депутаты обнаружили признаки состава таких преступлений, как «вредительство», «злоупотребление властью» и «превышение власти» (ст. 69, 170 и 171 УК России).
Сам Юрий Лужков, по сообщению пресс-службы правительства Москвы, присутствию при рассмотрении своего «персонального дела» предпочел катание на подаренном американцами вертолете. Устами своего управделами Василия Шахновского он официально заявил, что не признает себя уволенным, обвинил депутатов в «безответственности» и пригрозил прервать всякие контакты с Моссоветом, в частности, не представлять ему на утверждение проект городского бюджета, а направлять его непосредственно в правительство России.
8 июля Малый совет Моссовета рассмотрел протест прокурора Москвы Геннадия Пономарева, просившего городскую представительную власть отменить решение о недоверии Юрию Лужкову. Прокурор усмотрел в нем нарушение закона. Он сослался на постановление ПВС РСФСР от 19 апреля 1991 г. о структуре органов власти Москвы и заключил, что Лужкова надлежит именовать «мэром», а не «заместителем главы администрации». Протест фактически был оставлен без удовлетворения. Зампред Моссовета Юрий Седых-Бондаренко в письме в прокуратуру указал, что данное постановление утратило силу в части, противоречащей Закону «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации», которым и руководствовался Моссовет. Он добавил, что указы президента об освобождении Гавриила Попова от обязанностей мэра и о возложении их на Юрия Лужкова не могут иметь силы, так как по закону принимать отставку первого и давать согласие на назначение последнего должен был все же Моссовет. В заключение зампред Моссовета упрекнул прокурора в «запутанных отношениях с законом и законностью».
Прокурор Москвы Геннадий Пономарев и сам сетовал на запутанность и противоречивость законодательства: по-своему были правы и мэрия, и Моссовет. Поэтому, считал прокурор, до принятия специального закона о Москве следовало сохранить статус-кво. Между тем комиссия прокуратуры России проверила работу столичной прокуратуры. Поговаривали, что генпрокурор Степанков был недоволен Пономаревым, так как тот упорно не становился на сторону исполнительной власти в ее споре с представительной. Намекали, что Пономареву не помешала бы моральная поддержка Лужкова, а Лужкову – Пономарева.
