С 1938 года – начальник отделения 4-го отдела УГБ НКВД Грузинской ССР. В ноябре 1938-го назначен заместителем начальника 4-го отдела УГБ, потом, с 1939-го, – начальником следственной части УНКВД по Ленинградской области.
С июля 1941 года – начальник Особого отдела НКВД Лужской оперативной группы Северного фронта. С октября 1941-го – замначальника, начальник секретной части Особого отдела Ленинградского фронта, а с июня 1942 года – начальник Особого отдела НКВД Сибирского военного округа.
С апреля 1943-го – начальник УКР Смерш Южного фронта, а с апреля 1944 года – 4-го Украинского фронта. В июле 1945-го возглавил военную контрразведку в Прикарпатском военном округе. С мая 1946-го – заместитель министра ГБ СССР и одновременно с августа того же года – главный резидент и уполномоченный МГБ СССР в Германии.
В 1949 году был назначен руководителем МГБ УССР. С марта 1953-го – министр внутренних дел Латвийской ССР, затем старший советник МВД СССР в ПНР.
С ноября по май 1954 года – начальник УМВД по Ярославской области. В июле 1954-го уволен на пенсию, а в декабре по фактам дискредитации звания офицера лишен генеральского звания.
Южный фронт (ЮФ) второго формирования был образован 31 декабря 1942 года на базе расформированного Сталинградского фронта (СФ). Командующим фронтом с момента образования ЮФ являлся генерал-полковник А. И. Еременко, которого в марте 1943 года сменил генерал-лейтенант Ф. И. Толбухин. 20 октября 1943 года фронт был переименован в 4-й Украинский.
Именно к Толбухину был назначен начальником УКР Смерш генерал-майор Н. К. Ковальчук, получивший солидный оперативный опыт в борьбе с происками тайного противника на Северном и Ленинградском фронтах.
Оперативный состав УКР Смерш Южного фронта, а затем 4-го Украинского участвовал в подготовке и проведении Ростовской, Миусской и Донбасской операций. Это было время после победоносной Сталинградской битвы, когда советские войска находились на подъеме. По этому поводу в Германии – траур. По приказу Гитлера немцы оплакивали уничтоженную советскими войсками 6-ю полевую армию. А наши воины метр за метром освобождали родную землю, выметая огнем и свинцом упорно сопротивляющегося и еще достаточно сильного противника.
1 января 1943 года войска ЮФ перешли в наступление. За две недели боев они продвинулись на 150–200 км и вышли к излучине Дона… Именно в это время руководство УКР Смерш Южного фронта провело оперативную игру с противником через лейтенанта Алексея Самсонова – «Сокола», который еще в 1942 году получил задание Особого отдела Сталинградского фронта – в качестве перебежчика перейти линию фронта и сдаться немецким властям.
Как и предполагалось, им заинтересовалась гитлеровская разведка. Самсонова допрашивали много дней подряд с применением разных психологических наработок – от перекрестного допроса до подвода провокаторов. Он стойко выдержал оперативную легенду и правильно вел себя согласно линии поведения. Через некоторое время его направили на курсы подготовки агентов гитлеровской разведки с центром, расположенным недалеко от Ростова-на-Дону.
Первое самостоятельное задание лейтенант получил в начале января 1943 года. В ночь на 10-е он приземлился на парашюте восточнее Сталинграда. Он должен был взорвать определенный участок железной дороги.
Самсонов после приземления разыскал Особый отдел фронта и доложил суть задания. Разрушенного железнодорожного полотна в то время было очень много, тем более на одном участке сошел с рельсов поезд. Военные контрразведчики это и записали ему в актив, с которым он снова перешел линию фронта. Немцы остались довольны своим агентом. Самсонову бросились в глаза кислые лица гитлеровских офицеров и солдат из-за поражения на Волге. Через несколько дней руководитель разведшколы Зелигер вызвал агента в кабинет и предложил новую вылазку за линию фронта, возглавив разведгруппу из двух человек. Самсонов согласился.
