Одновременно с декабря 1943 г. по март 1946 г. нарком земледелия СССР. С 19.03.1946 г. по 05.03.1953 г. заместитель Председателя Совета Министров СССР. В феврале 1947 г. выступил на Пленуме ЦК ВКП (б) с докладом «О мерах подъема сельского хозяйства в послевоенный период», в котором содержалась программа восстановления аграрного сектора страны.
За несколько дней до ХIХ, последнего при его жизни, съезда КПСС (октябрь 1952 г.) И. В. Сталин, обсуждая персональный состав президиума съезда, сказал, что «не надо вводить в президиум Микояна и Андреева, как неактивных членов Политбюро».
Андреев стал членом Президиума Верховного Совета СССР (1953–1962) и с этого времени играл лишь декоративную роль. В 1957 получил еще один почетный, но незначительный пост председателя Общества советско-китайской дружбы. В 1962 Андреев назначен советником при Президиуме Верховного Совета СССР, что фактически стало увольнением на пенсию.
В газете «Правда» от 16 сентября 1988 года отмечается: «… с февраля по октябрь 1931 г. проводилась новая, наиболее широкая волна ликвидации кулацких хозяйств. Общее руководство осуществлялось специальной комиссией, которую возглавлял А. А. Андреев… раскулачивание проводилось и в дальнейшем… оно, всё больше принимало характер репрессий». Как вспоминал Н. С. Хрущёв: «Андрей Андреевич сделал очень много плохого во время репрессий 1937 года. Возможно, из-за своего прошлого он боялся, чтобы его не заподозрили в мягком отношении к бывшим троцкистам. Куда он ни ездил, везде погибало много людей». В конце 1938 года, после того, как Н. И. Ежов был отстранён от должности наркома, Андреев был председателем комиссии Политбюро по расследованию деятельности НКВД.
Историк Серго Микоян отмечал: «Уйти с работы в Политбюро можно было только в мир иной. Единственный, кто сумел это сделать и не погибнуть, – Андрей Андреевич Андреев. Это стало возможным потому, что он потерял слух. Носил слуховой аппарат. Но они тогда очень мало помогали. И тогда, кажется, в 1950 году, сказал Сталину, что ему неудобно оставаться в Политбюро, ибо он не в состоянии участвовать в обсуждениях. Сталин его отпустил на покой – в Верховный Совет РСФСР, – не тронув. Другого такого случая не знаю».
Был объявлен жертвой кремлевских «врачей-убийц», умышленно сделавших его глухим.
Маленького роста, инфантильный. Сплевывал прямо на пол. Увлекался охотой. С марта 1953 г. по июнь 1962 г. член Президиума Верховного Совета СССР. На июльском (1953 г.) Пленуме ЦК КПСС, обсуждавшем «дело Л. П. Берии», предлагал: «Из этого мерзавца надо вытянуть все жилы, чтобы была ясная картина его отношений с заграницей, кому и как он служил…» На этом же Пленуме заявил, что звучавшие в зале мотивы о культе личности не имеют под собой никакой основы: «Он начал дискредитировать имя товарища Сталина, наводить тень на величайшего человека после Ленина. Откуда-то появился вопрос о культе личности. Это проделки Берия… Нельзя подрывать учение товарища Сталина… Учение Сталина вечно и непоколебимо…» На июньском (1957 г.) Пленуме ЦК КПСС, осудившем «антипартийную группу», обвинил Г. М. Маленкова в том, что он прикрывал Л. П. Берию, который, если бы не его покровительство, был бы разоблачен значительно раньше.
26 мая 1962 года Леонид Брежнев сообщил в ЦК КПСС: «По состоянию здоровья тов. Андрееву А.А. трудно выполнять постоянную работу. Он обратился с просьбой установило ему персональную пенсию, сохранить за ним право пользования центральной поликлиникой и столовой лечебного питания, дачей № 4 в посёлке Архангельское с обслуживанием, а также право пользования автомашиной за счёт государства. В беседе тов. Андреев А.А. выразил желание работать в Президиуме Верховного Совета СССР в качестве советника» (РГАНИ, ф. 3, оп. 62, д. 3, л. 79).
