Горные крепости вместе с генуэзскими владениями юго-западного побережья составили Мангупский кадылык, находившийся под управлением османских наместников. Эпоха готской династии закончилась, но город оставался оплотом греческой и христианской культуры, сумев сохранить самобытность при татарских ханах. Недавние кочевники избрали для жизни плодородные долины и начали активно осваивать земледелие. Татары обосновались на территории Кырк-Орского княжества с центром в близлежащей горной крепости Чуфут-Кале. Однако столицей Крымского ханства стал не пещерный город, а равнинный Бахчисарай. Толстые стены горных цитаделей защищали ханов во время войн и междоусобиц; здесь хранилось награбленное имущество и томились пленники.
Польский посол Браневский посетил Мангуп в середине XVI века, не найдя в опустевшем городе «ничего привлекательного, кроме греческой церкви Святого Константина и другой, весьма незначительной, нареченной именем святого Георгия. На их стенах видны изображения, представляющие родословную государей и государынь, от которых происходили князья Мангупа…».
Под церковью Святого Георгия подразумевался небольшой одноабсидный храм над склепом, расположенный на мысе Гелли-Бурун. Здание правильной четырехугольной формы, сложенное из местного известняка, отличалось тщательно пригнанной кладкой. До настоящего времени сохранилась нижняя часть алтарной преграды, а также поздний престол, установленный на основании древнего. Храм сильно пострадал от пожара 1592 года, но на полу остались мелкие предметы: кусочки росписи, бусины, колечки и даже татарская серебряная монета. По описаниям первых исследователей, «при входе в него стоял большой камень, оказавшийся нижней частью большого рельефа, изображающего всадника; под конем с правой стороны можно усмотреть часть дракона. Видимо, это и было изображением святого Георгия». Вблизи храма находилось кладбище, где христианские могилы соседствовали с «двурогими» еврейскими.
Расположенная напротив мыса Чуфут-Бурун церковь Святого Константина и Елены является одним из самых ранних сооружений Мангупа. Вмонтированная в столб плита с надписью заверяет о существовании этого сооружения еще во времена Юстиниана Великого. Здание построено по типу трехабсидной и трехнефной базилики с притвором «нарфик». После исследований прошлого века выяснилось, что храм пережил две эпохи: раннюю, когда он обладал большими размерами, и позднейшую, в которой здание было гораздо меньшего размаха.
В древности, кроме трех основных нефов, храм располагал отделенными стеной пристройками и в плане имел вид пятинефной базилики. Ранние грандиозные масштабы вполне соответствовали запросам византийских императоров. Средний неф отделялся от боковых двумя рядами восьмигранных колонн, выполненных из цельного камня. Пол центрального зала был вымощен большими каменными плитами. Настил боковых нефов представлял искусную мозаику из белого мрамора, черного базальта и красного сланца. Вблизи северной стены храма вначале стоял баптистерий, позднее перестроенный в кладбищенскую часовню. В подполье боковых галерей находились могилы священнослужителей и членов их семей.
Остатки архитектурных элементов, куски штукатурки с росписью дают представление о богатом убранстве ранней постройки. На наличниках дверей храма некогда красовался роскошный орнамент в виде сплетения толстых шнуров с ветками и листьями. Археологи нашли остатки византийско-коринфских капителей из мрамора, пилястр алтарной ограды, сделанной из местного известняка.
