Кроме транспорта «Иосиф Сталин», во время эвакуации Ханко и предшествовавших боев были потеряны следующие суда. 20 сентября у Ханко затонуло гидрографическое судно ГИСУ «Веха». 16 октября у Осмуссара погибло гидрографическое судно ГИСУ «Волна». Базовый тральщик Т-203 «Патрон» погиб 25 октября, не дойдя до Ханко. Тральщик ТЩ № 56 «Клюз» в тот же день погиб, возвращаясь с Ханко. Кроме того, при переходе с Ханко 4 ноября погиб эсминец «Сметливый». 274 пассажира и 80 чел. экипажа были доставлены на Ханко, а 286 пассажиров из состава гарнизона погибли. 12 ноября, не дойдя до Ханко, погиб грузо-пассажирский рефрижераторный теплоход «Андрей Жданов», погиб целый ряд более мелких судов. В тот же день подлодка Л-2 «Сталинец» вышла из Кронштадта на минную постановку в Данцигскую бухту в составе направлявшегося на Ханко конвоя № 4. В ночь с 14 на 15 ноября она подорвалась на трёх донных минах и затонула. Из экипажа в 52 человека уцелели только моторист Василий Щербина, электрик Бойков и старшина-радист Николай Квасков. 14 ноября, не дойдя до Ханко, погибли эсминцы «Суровый» и «Гордый», малый охотник МО-301 и базовый тральщик Т-206 «Верп». 21 ноября гидрографическое судно ГИСУ «Азимут» погибло при возвращении с Ханко, унося с собой 288 эвакуируемых. 22 ноября при возвращении с Ханко погиб тральщик ТЩ № 35 «Менжинский». Из 300 пассажиров спаслось лишь 10. Сторожевой корабль СКР «Вирсайтис» затонул 3 декабря. Погибло 150 эвакуируемых. 3 декабря малый охотник MO-112 был по ошибке потоплен эсминцем «Свирепый». В период с 10 по 13 декабря были раздавлены льдами на переходе Гогланд – Кронштадт МО-303, МО-304, МО-305, МО-307, МО-405 и МО-406. А МО-306 погиб еще 26 июля на Ханко. Торпедные катера ТКА-12 и ТКА-42 были раздавлены льдами 9 и 12 декабря. А ТКА-52 при переходе 11 ноября оторвался от группы и был захвачен финнами. Танкер TP № 566 «Вохи» погиб 22 сентября у о. Осмуссар, а другой танкер, TP № 559 «Хильде», был подорван 1 декабря при оставлении Ханко. Быстроходная морская яхта пропала без вести 3 декабря при возвращении с Ханко. Из 90 пассажиров погибли 23. 30 ноября в Финском заливе погиб ледокол «Октябрь». Буксир ПХ-4 погиб на переходе с Ханко 4 декабря, вместе с буксиром ОР-1, а буксир ПХ-3 был затоплен на Гогланде 8 декабря. Буксир И-17 был по ошибке потоплен 3 декабря эсминцем «Свирепый». Парусную шхуну «Эрна» оставили на Лавенсари. Катера типа KM-4 ОP-2 – ОР-10 погибли на переходе или были затоплены при оставлении базы. Та же судьба постигла катера типа KM-2 СХ-1 – CX-11, равно как и мотоботы № 11, 21, 31, 41, 42, 43, 46, 52.
Большие потери на минах в корабельном составе были следствием дефицита тральщиков. Для надежной проводки за тралами каравана, состоящего из двух и более кораблей, в соответствии с «Наставлением по боевой деятельности тралящих кораблей» (НТЩ-40), требовался дивизион в составе 8–9 тральщиков, тогда как реально можно было привлечь только 4–5 тральщиков. В большинстве случаев подрывы кораблей происходили из-за выхода кораблей из протраленной полосы вследствие рысканья или из-за недоучета дрейфа от волны и ветра.
Очевидно, с эвакуацией Ханко несколько запоздали. Вероятно, ее надо было проводить параллельно с таллинской, так как после оставления Таллина оборона Ханко теряла смысл и не оправдывала затрачиваемых на нее сил и средств.
Всего с Ханко удалось эвакуировать:
