Он терял свои главные базы, находившиеся в Финляндии и Украине. Противостояние развернулось в Петрограде, Москве, Крыму, на Северном Кавказе, Волге, Баку, в Архангельске и ряде других ключевых политических точек страны, и оно значительно влияло на общий ход исторических событий.
В немалой степени под влиянием матросской опасности большевистским правительством было принято решение о переносе столицы из Петрограда в Москву. В период переноса столицы на основе оппозиции матросов большевистским властям возникло «Дело» наркома флота П.Е. Дыбенко, бывшее одной из главных тем газет всех направлений весны 1918 года. На основе антибрестовской позиции флота возникло также «Дело» адмирала Щастного. Главной же причиной было стремление правительства и особенно Л.Д. Троцкого определить «стрелочника» за оппозиционные выступления балтийских матросов в Петрограде.
Очень драматично проходили в это время события на Черноморском флоте. Антибрестовская политика черноморцев способствовала склонности правительств Германии и советской России к уничтожению флота, несмотря на, казалось бы, общую заинтересованность в использовании его против Антанты и войск А.И. Деникина. В результате основное ядро флота самозатопилось 18 июня 1918 года в Новороссийске. Судьба Черноморского флота приняла масштаб общенациональной трагедии и сыграла большую роль в провоцировании экстремизма с активной ролью матросов в т.н. «украинском потоке» отступавших с Украины через Юг и Волгу советских отрядов. Это вызывало недовольство местного населения и способствовало созданию почвы для распространения Белого движения в данных районах.
Черноморская трагедия явилась также важной причиной мятежа 6—7 июля 1918 года в Москве (левых эсеров), в котором военные моряки, в том числе и сошедшие на берег с затопленных кораблей, были не только основной военной силой, но и в значительной степени инициаторами и вдохновителями этого выступления. Поражение июльского «левоэсеровского мятежа» привело, как известно, к установлению однопартийной системы в стране и в то же время к решающему поражению матросской оппозиции большевикам.
Крупные антибрестовские выступления военных моряков имели место также в июле – августе 1918 года на Каспийской флотилии, которые закончились установлением в Баку антибольшевистского правительства – «Диктатуры Центрокаспия», и на Флотилии Северного Ледовитого океана в Архангельске.
Несмотря на раскол флота, гибель кораблей и поражение матросской антибольшевистской оппозиции в начавшейся широкомасштабной Гражданской войне, роль военных моряков продолжала оставаться высокой. Связано это было с общим укреплением советской власти и потребностью во флоте как в военной силе (и для «красных», и для «белых»). Моряки продолжали играть авангардную роль как в проявлениях героизма в боевых действиях, так и в процессах, сопровождавших ход Гражданской войны. Стремление к крайним мерам на начальном этапе этой войны особенно выразилось в принятии политики террора. В начале сентября 1918 года, как известно, в связи с покушениями на В.И. Ленина и другими громкими террористическими актами лета 1918 года, в каждом из которых имелось определенное матросское участие, политика «красного террора» была официально распространена на всю страну. Наибольшие жертвы и длительность она имела в Петрограде и Кронштадте. Однако здесь матросы были и в числе первых, кто стал ощущать вред этой политики и противодействовать ей. Надо сказать, что заметный след в Гражданской войне оставила и политика «белого террора». Здесь обое стороны проявили неоправданную жестокость. К сожалению, в этом принимали участие и военные моряки.
