Была создана Пограничная казачья стража, положение о которой было утверждено в 1811 году. Перевод пограничников на начала военной организации был осуществлен в 1827 году, когда была создана Таможенная пограничная стража. В соответствии с Карантинным уставом она была переименована в Пограничную стражу. Кроме того, на западной сухопутной границе была создана Корчемная стража.
Таким образом, наряду с фискальной функцией и функцией таможенно-тарифного регулирования, таможня приобретает правоохранительную функцию, которая становится важнейшей в ее деятельности.
В 1810 году был принят новый таможенный тариф. По своей сути он стал запретительным, поскольку отвечал интересам купцов-промышленников и дворян-мануфактуристов. Расширение торговли требовало увеличения количества таможен, а практика организации таможенного дела – совершенствования управления таможенными учреждениями, восстанавливается деятельность Коммерц-коллегии.
В 1802 г. таможенные учреждения оказались в составе Министерства коммерции. В состав Министерства финансов входил Департамент внешней торговли, который состоял из двух отделений: внешних сношений и таможенного. Таможенное отделение делилось на три стола: первый – по производству дел в таможнях по европейской границе и на морях – Белом, Балтийском, Черном, Азовском; второй – по делам таможен на Азиатской границе и по Каспийскому морю; третий – по делам об определении на службу, увольнении, производстве и награждении чиновников и служителей, об определении и увольнении маклеров.
В 1811 г. было утверждено Таможенное управление по европейской торговле, в состав которого входит 11 таможенных округов. Каждый таможенный округ возглавлялся начальником, которому подчинялись таможни и заставы, составлявшие округ. Все таможни были разделены на два класса. Административный аппарат каждой таможни состоял из управляющего, положенных по штату таможенных чиновников и служителей, заменивших прежних директоров таможен, цольнеров и унтер-цольнеров. Данное разделение явилось прообразом существования таможенных округов на территории Российской Федерации, в которых осуществляют свою деятельность региональные таможенные управления.
В 1822 г. был принят Таможенный тариф, который обозначил резкое уклонение от либеральной политики в сторону протекционизма. Все последующие тарифы изменялись лишь в некоторых частях, однако, общее направление таможенной политики остается протекционистским.
14 декабря 1819 г. был принят таможенный устав, в соответствии с которым все таможни делились на 4 класса. К первому относились складочные таможни (С.-Петербургская, Архангельская, Рижская, Одесская, Феодосийская, Таганрогская, Московская, Виленская, Киевская, Бердичевская и Варшавская), через которые могли ввозиться морским транспортом все без исключения иностранные товары, не запрещенные тарифом, или доставляться на эти таможни из других для уплаты таможенных платежей. На таможни первого класса могли привозиться все товары, на таможни остальных классов товары доставлялись с некоторым изъятием.
Данный Устав имел специальный раздел «О последствиях утайки таможенных пошлин и привоза запрещенных товаров», содержащий главы: 1) Об утайке пошлин и тайном провозе вообще; 2) О доносах на тайный провоз товаров; 3) О наказании занимающихся противозаконной торговлей; 4) О производстве дел по конфискации товаров; 5) О производстве продажи при таможнях с публичного торга товаров.
