Вскоре после Рождества Антуанетта де Бурбон сообщила матери Марии о решении короля, что все его дети будут обучаться вместе. Это было явным отступлением от традиций, но Генрих хотел, чтобы дети «привыкли к обществу друг друга».
Отчасти это было его искренним желанием. Он хотел, чтобы Мария и Елизавета, его собственная старшая дочь, воспитывались как сестры, а дофин встречался с Марией в непринужденной обстановке и под надзором старших. Но были и тайные причины, например, тот факт, что шотландская свита Марии, по крайней мере ее мужская часть, постепенно превратилась в обузу. Шотландцев, несмотря на их высокий статус, не любили при дворе, где они служили в королевской гвардии, garde ecossaise. С точки зрения французского придворного этикета они были грубы и неотесанны. Теперь Генрих хотел отправить домой тех, кто прибыл с Марией из Шотландии.
Главной заботой воспитателей Марии был язык. До сих пор девочка говорила на шотландском и почти не знала французского. Это следовало исправить как можно быстрее. Немаловажным был и вопрос расходов, потому что мать маленькой Марии не платила жалованье свите дочери, и Генрих не хотел оплачивать отдельный штат прислуги для каждого королевского ребенка – более подходящим ему казался общий штат воспитателей и гувернеров. Согласно новым правилам все должны были говорить только на французском и соблюдать установленный протокол. Придворные штаты Марии и дофина объединялись. Его сестры вместе с прислугой делили роскошные апартаменты с Марией и ее компаньонками, и всем этим хозяйством заправляли д’Юмьер и его жена.
Мужская часть прислуги Марии, за немногими исключениями, была оттеснена на вторые роли, и даже в ее женской части произошли изменения. Поначалу четыре Марии повсюду сопровождали маленькую королеву, но, когда она немного освоилась и привыкла к новому окружению, их отправили в школу в доминиканском монастыре в Пуасси, где девочек обучали французскому, а в их отсутствие Марию обязали говорить только по-французски. Даже Синклер, ее старая нянька, оказалась под угрозой отправления на родину. Ее вернули только после вмешательства матери королевы Марии, но ее просьба столоваться отдельно от француженок осталась без ответа. Синклер устала от покровительственного отношения слуг остальных королевских детей, но, несмотря на неоднократные просьбы, ее вынудили жить и работать вместе с прислугой, которую Генрих нанял для собственных дочерей.
Леди Флеминг, в отличие от всех остальных, ничего не угрожало. Она свободно владела французским и хотя была замужем за шотландцем, но в ней было «все, чего только можно желать». Правда, и тут имелась скрытая цель. На первый взгляд все выглядело так, будто Мария не могла обойтись без своей гувернантки, которую сочли неподходящей для остальных королевских детей. Соответственно, Флеминг оставили руководить женской прислугой Марии, несмотря на возможные разногласия по поводу расходов с д’Юмьером и позже с д’Юрфе.
Правда заключалась в том, что красивая и любвеобильная Флеминг стала новой любовницей Генриха II. Король даже написал матери королевы Марии, чтобы та не обошла ее милостями. «Я убежден, что Вы цените заботу, беспокойство и величайшее внимание, которые моя родственница, леди Флеминг, день ото дня выказывает нашей маленькой дочери, королеве Шотландии, – лукаво отмечал он. – Я должен постоянно помнить о ее детях и ее семье».
