Эти догадки подтвердило и замужество Марии и Ботвелла спустя три месяца после смерти Дарнли. Казалось, что разговоры о виновности или невиновности Марии были нескончаемы. Одно было очевидно – выйдя замуж за Ботвелла, Мария потеряла контроль над Шотландией. Знать восстала против королевы и потребовала ее отречения. В 1568 г. Мария сбегает в Англию, где Елизавета отправляет ее в заточение.
Мария была по-прежнему молода и обворожительна. В 1569 г. группа лордов подняла восстание в Северной Англии в защиту Марии. 1570—1580-е гг. были отмечены серией заговоров католиков, желавших убийства Елизаветы и воцарения Марии, – все они были раскрыты шпионами Елизаветы. Когда папа отлучил Елизавету от церкви, миссионеры-иезуиты, в том числе Эдмунд Кампион и Роберт Парсонс, утвердились в своих идеях. Королева и ее министры были близки к краху: за время правления Елизаветы было казнено около двух сотен священников-католиков. В 1586 г. шпионы раскрыли еще один заговор сообщников Марии. Это стало финальной точкой – у Марии уже не осталось сил бороться, и она признала свою вину. С огромным нежеланием и отвращением, частично правдивым, а частично наигранным, Елизавета подписала ее смертный приговор. В 1587 г. топор палача принес Марии освобождение от девятнадцатилетнего заточения. Католики объявили ее мученицей и обвинили протестантов в убийстве.
Религия была одной из причин постоянных разногласий между елизаветинской Англией и Испанией Филиппа II. Другой была поддержка Елизаветой бунта в Голландии. Третьей, и самой важной, причиной было проникновение Англии на территорию Испанской империи в Америке. До середины XVI в. английские мореплаватели практически не принимали участия в захвате и использовании земель Нового Света, вполне удовлетворяясь фламандской торговлей шерстью. Тем не менее к 1560 г. и англичан стала интересовать возможность получения выгоды из Нового Света. Елизавета всячески поощряла частные вложения в заокеанское производство, сама являясь лучшим примером. Мореплаватели из Плимута и других юго-западных портов начали покорять Атлантику. Некоторые, как Мартин Фробишер и Джон Дэвис, открыли еще никем не занятые берега Северной Америки, в реках которых не было золота. Иные пустились в опасное путешествие к испанским Карибам. Между 1562 и 1568 гг. Джон Хокис довольно успешно продавал африканских рабов испанцам. Между 1571 и 1581 гг. Фрэнсис Дрейк (ок. 1540—1596), истинный протестант, опять же довольно успешно несколько раз совершал пиратские набеги на испанскую Америку. В третий рейд он отправился на своем корабле «Золотая лань», прошел по Магелланову проливу, захватил испанский корабль с сокровищами около Тихоокеанского побережья Южной Америки, затем проплыл к Калифорнии и оттуда к южнотихоокеанским островам и мысу Доброй Надежды. Таким образом, когда после трехлетнего отсутствия он вернулся в Плимут, оказалось, что он совершил кругосветное путешествие. Королева посвятила Дрейка в рыцари в 1581 г.; стоимость груза, который он захватил на испанском корабле, в два раза превышала доходы Елизаветы. В 1585—1586 гг. с официального разрешения правительства сэр Фрэнсис собрал флот более чем в 30 кораблей и отправился еще раз в Карибский залив, где скорее раздразнил, чем разорил испанцев. Вообще, елизаветинские «морские волки» делали все, чтобы досадить испанскому королю.
