Сам же летописец написал во вступлении к «Хронографии» следующее: «Труд Иоанна, происходящий от Константина Великого, начиная со времени сотворения мира. Я решил, что было бы правильно после сокращенного материала еврейских книг, написанных Моисеем, и сведений, изложенных в рассказах хронистов Африкана, Евсевия Памфила, Павсания, Дидима, Феофила, Климента, Диодора, Домнина, Евстафия и многих других трудолюбивых летописцев, поэтов и ученых-историков, соотнести так правдиво, насколько возможно, сводный отчет о событиях, имевших место во времена императоров, вплоть до событий в моей собственной жизни, которые достигли моего собственного слуха; я имею в виду события от Адама до царствования Зенона и тех, кто правил позднее. Мои преемники должны дополнить это повествование, опираясь на собственные способности…».
Хотя «Хронография» Иоанна Малалы признавалась исследователями как ценный и часто уникальный источник информации, писателя критиковали за «некритичный подход к источникам и их вольный пересказ». Какой «критичный подход» требовался от автора, подававшего информацию читателям в формате новостных сообщений: «…Феодосий (испанец) разрушил все святыни эллинов (язычников), также уничтожил большой и знаменитый храм в Гелиополе, известный как Трилитон, и сделал его церковью христиан… Храм Артемиды в Антиохии он обратил в игорный зал для игроков в кости. Храм Афродиты он обратил в штаб префекта Претория. Также он построил рядом ночлежки и распорядился, чтобы нищие проститутки там могли останавливаться бесплатно»? («Хронография», кн. 13 «Правление Феодосия I», §§37,39).
«Хронография» написана разговорным языком, приближающимся к жаргону, что, по-видимому, отвечало вкусу массового читателя того времени, и за что, собственно, Иоанна критиковали европейские ученые XIX, XX веков. Летописец был осуждаем как «полностью наивный, невежественный и некомпетентный».
Немецкий историк и филолог Карл Крумбахер (1856—1909 гг.) назвал «Хронографию» «образцом неслыханной ранее в исторической литературе грубости», содержащим «смехотворные ошибки». Очевидно, академик имел в виду этот отрывок, над которым потешалась развеселая константинопольская публика: «Афр… женился на Астиноме с острова Лакерия и породил дочь, которую он назвал Афродитой. Она стала философом и вышла замуж за Адониса Афинского, тоже философа, сына Кинира от связи с его собственной дочерью. Он (Адонис) был необыкновенно красив, и Афродита влюбилась в него… Говорят, что они практиковали философию вместе до самой смерти» (Книга 1. «Времена Адама», §9). Последняя фраза показалась неизвестному автору «Пасхальной хроники» (VII век), цитировавшему «Хронографию», настолько двусмысленной, что он посчитал нужным добавить: «Они продолжали практиковать философию вместе целомудренно».
Даже такой выдающийся знаток «византистики», как ирландский филолог и искусствовед Джон Б. Бьюри (1861—1927 гг.), оценил работу Малалы как труд, «лишенный пропорции» и содержащий множество ошибок.
Я не нахожу никаких ошибок в сочинении Иоанна, когда он ссылается на тех людей, что действительно и намеренно внесли диспропорцию и множество ошибок в историю: «Три племени разделились по всей земле на 72 народа, как установил учённейший летописец Евсевий Памфил». (Евсевий Памфил Кесарийский (263—340 гг.) – историк церкви и главный цензор, благодаря которому безвозвратно утеряно огромное количество работ греко-римских писателей и греческих переводов с аккадского, коптского, арамейского и др.) Или Иоанн цитирует другого раннехристианского историка Секста Юлия Африкана (160—240 гг.): «Моисей женился на египтянке, дочери Иофора, который был главным жрецом эллинов и человеком, прославленным египтянами и Фараоном, как сказано в трудах Африкана».
