Делегаты проголосовали за образование «Союза казачьих Войск» страны и утвердили его программу. В ней, в частности, содержались положения о том, что деятельность Союза будет направлена на укрепление нового государственного строя, а его члены примут участие в разработке ключевых положений и норм будущей государственной и общественной жизни казачества. В качестве руководящего органа был избран Временный Совет «Союза казачьих Войск» в составе 36 представителей от всех казачьих Войск страны. Нормы представительства в нём были установлены в зависимости от численности того или иного Войска. Помимо руководящих и координирующих функций Временному Совету «Союза» поручалась окончательная проработка и подготовка Учредительного Общеказачьего Съезда.
На Съезде во время одного из заседаний произошёл инцидент. Против руководителей Съезда открыто выступили малочисленные делегаты-большевики и прочие выразители радикально-демократической направленности. Не согласившись с ходом и решениями Съезда, уже 25 марта (в первый день работы) они покинули зал заседаний и объявили об образовании Центрального Совета Казаков, председателем которого стал кубанец Костенецкий. Эта группа делегатов не имела чётко выраженной политической направленности. В программном заявлении Центрального Совета Казаков говорилось, что его целью является «широкая пропаганда идеалов трудящихся, призыв к объединению казачества для борьбы с буржуазией». Эти события свидетельствовали о появлении глубоких трещин в среде кажущегося монолита казачества. Обозначилось существование небольших по численности групп казаков, открыто оппозиционных официальным казачьим лидерам. Последние впервые достаточно отчётливо увидели, что протекавшие в обществе политические процессы всё сильнее затрагивали и казачество. Наибольшую тревогу у них вызывали настроения казаков-фронтовиков.
Однако и правительство поддерживать казачьих лидеров, несмотря на их лояльность, отнюдь не намеревалось. Считало «реакционной» силой, боялось их. Мало того, чтобы обрести поддержку крестьян, оно выдвинуло проект передела земель в казачьих Областях и открыто заявляло, что казакам «придётся потесниться».
Весной и в начале лета 1917 года во всех казачьих Войсках страны состоялись войсковые Круги, Рады, Съезды. Центральным вопросом их созыва и работы являлась организация, впервые с XVIII века, высших органов казачьего самоуправления в лице войсковых Кругов, Съездов, Рады и избираемых ими войсковых атаманов и войсковых Правительств (Правлений).
Самым авторитетным из новоизбранных казачьих лидеров стал донской атаман Каледин. Казаки приступили к самостоятельному разрешению всех насущных вопросов политики, не соглашая её с новыми лозунгами русской революционной власти. В этих действиях не было никакой угрозы «завоеваниям революции» потому, что они касались только самих казаков. Но они нарушали привычный для России порядок централизованного управления страной и потому были встречены враждебно.
В 1917 году войсковые Круги (в Малороссии и на Кубани – Рады) были не просто собранием казаков, они стали постоянными областными (по Войскам) парламентами, состоящими из выборных депутатов. Невозможно достаточно оценить заслуги М. П. Богаевского в деле призвания к новой жизни полузабытых форм старинных казачьих политических традиций. Круги принялись вспоминать старые и вырабатывать новые войсковые законы, что, конечно, вызвало резкое недовольство иногородних. Которые как раз и рассчитывали, что Временное правительство наделит их казачьими землями.
