Произошли перемены в руководстве партии за счёт расширения состава Президиума ЦИК (до 12 человек). В него были включены представители регионов – А.А. Шабанов, В.А. Коптюг, Г.В. Костин, А.В. Ионов, М.С. Сурков. Первым заместителем был избран Купцов.
Не встретила энтузиазма идея участия партии в «XXIX съезде КПСС», который был намечен на 27–28 марта. КП РФ не стала вступать в Союз коммунистических партий – КПСС (СКП-КПСС), образованный на данном съезде, хотя уже на III пленуме 29 мая такая возможность не отвергалась (ассоциированное членство). Не вступая в СКП-КПСС, партия на пленуме 18 сентября тем не менее делегировала своих представителей в его руководящий орган (Совет) – В. Зоркальцева, И. Мельникова, А. Лукьянова.
23 марта КП РФ была зарегистрирована Министерством юстиции РФ.
Развёртывался процесс создания новой Конституции РФ. Пленум партии 29 мая отправил наблюдателя на Конституционное совещание, образованное по распоряжению Ельцина, но подчёркивалось, что задачей присутствия там является ни в коем случае не поддержка президентской стороны, а представление своего мнения и оперативное реагирование на события, которые будут происходить на данном форуме.
21 сентября Президент Ельцин подписал Указ № 1400, в соответствии с которым прекращалось функционирование системы Советов, распускался Съезд народных депутатов и Верховный Совет, объявлялись выборы в Федеральное Собрание (Госдуму и Совет Федерации) и референдум по подготовленному его командой советников проекту Конституции. КП РФ, безусловно, не поддержала этот документ, который Конституционный Суд признал противоречащим Основному Закону страны. В то же время позиция партии была противоречива.
Зюганов и другие руководители партии не принимали участия в защите резиденции парламента на Краснопресненской набережной, хотя председатель партии призвал идти на протестные акции. Народные депутаты из числа членов фракции «Коммунисты России» находились в Доме Советов. 3 октября А. Макашов организовывал поход к телецентру в Останкино, чтобы дать возможность парламентариям получить эфир. В результате вооружённых столкновений погибли и пострадали десятки человек. Перед трагическим финалом 4 октября лидер партии Зюганов призвал сторонников покинуть здание парламента и не участвовать в митингах и демонстрациях, чтобы избежать кровопролития. Тем не менее после 4 октября деятельность партии была запрещена на две недели.
Предвыборная кампания проходила в плохо структурированном формате ввиду её экстренного характера, неготовности политических сил и изменения схемы выборов, когда половина депутатов Думы (225 депутатов) избиралась по пропорциональной системе (по партийным спискам). До этого выборы проводились по мажоритарной системе (по территориальным округам). Урон понесли антиельцинские силы. Их лидеры А. Руцкой, Р. Хасбулатов, И. Константинов и др. были арестованы.
Многие патриотические и коммунистические организации пришли к выводу о недопустимости своего участия в выборах «на крови». КП РФ выбрала другой путь и 26 октября провела I Всероссийскую конференцию, на которой выдвинула список кандидатов в Госдуму. В кампании также приняла участие Аграрная партия (АПР), которая на рассматриваемом этапе являлась союзницей коммунистов. Ставилась задача бороться за восстановление советского конституционного порядка. В дальнейшем партийные руководители укажут на то, что тогда, в 1993 г. партия действовала верно, обрела вес, а не превратилась в «секту»
