В 947г. (932г.) мусульмане в Иерусалиме разорили церковь св. Константина и храм Воскресения. В 976г. (961г.) множество людей бежало в Дамаск, Рамлу и другие города, спасаясь от нашествия греков и голода в северной Сирии. Такое переполнение Палестины озлобленными против греков мусульманами возбудило фанатизм населения и повело в следующем году к разгрому церкви Воскресения в Иерусалиме. Высшее начальство защищало христиан. Правитель Сирии послал одного из своих воевод для охраны патриарха и христиан. Вскоре после этого карматы вторглись в Сирию, овладели Дамаском, его округами, заняли Палестину. Первые четыре года царствования халифа Ал-Азиза (975—96г.) были заняты борьбой в Сирии и Палестине против засевшего в Дамаске турка Алф-текина.
Переход Палестины в 969г. под власть египетской династии Фатимидов, не внес какого-либо существенного изменения в благоприятное положение восточных христиан. Однако в 11 веке обстоятельства изменились. Фатимидский халиф ал-Хаким, открыл в 1002г. жестокое гонение на христиан и иудеев на всем пространстве своих владений. В 1012 году вождь кочевников Муфарридж-ибн-ал-Джаррах восстал против халифа, захватил Сирию, обязал христиан восстановить храм Рождества в Иерусалиме и назвал одного епископа по своему выбору патриархом Иерусалимским.
В 1025г. было заключено перемирие халифа с царем румов, который признал аз-Захира главой мусульман в стране румов и восстановил соборную мечеть в Царьграде. За это аз-Захир восстановил церковь Воскресения в Иерусалиме, разрушенную в 1002г. при ал-Хакиме. Часть церкви уже была восстановлена Муфарриджем-ибн-ал-Джаррахом около 1012г. В 1032г. сильное землетрясение разрушило треть Рамлы; обрушилась часть иерусалимских стен, большие куски отвалились от михраба Давида в Иepyсалиме. В 1067г. во время землетрясения в Палестине и Египте море отступило от берега на расстояние одного дня пути и затем хлынуло обратно, была разрушена Рамла. Скала в Иерусалиме раскололась, но затем приняла свой прежний вид.
В 1070г. в Сирии появился турок Атсиз, один из воевод Мелик-Шаха. Вступив в Палестину, он сначала взял Рамлу, потом Эль-Кудс и овладел всей страной, за исключением Аскалана. Вскоре после этого город восстал, так что Атсиз вынужден был начать осаду города снова. Эль-Кудс был взят вторично, и подвергнут страшному разграблению. В 1085г. когда египетское войско, вступив в Сирию, осадило Дамаск, города Палестины не были заняты гарнизонами турок. В 1086г. Эль-Кудс был в руках турок Ортока, прибрежные города принадлежали египтянам, и власть Ортока, владетеля Эль-Кудса, распространялась не на всю Палестину. В 1097г. при халифе ал-Мустали (1094—1101г.) полководец ал-Афдаль отнял Эль-Кудс у Сукмана и Ильгази, сыновей Ортока. 15 июля 1099г. город был завоеван крестоносцами и сделался столицей Иерусалимского королевства.
В это время написано достаточно много произведений, в которых дается указание на Иерусалим. Но в одних тестах сведения относятся к более поздним ситуациям, а в других название относится явно к другим городам. Иерусалим в Риме, Новый Иерусалим, город в Болгарии и Константинополь и т. д. При этом арабское имя Эль-Кудс при переводах передают как Иерусалим, так что два города смешиваются.
Ал-Белазурий. «Книга завоевания стран» (890г.): «И взял Амр город Рафах на таких же условиях. В то время как он в 16-м году (637—38 г.) осаждал Илию… и два или три дня спустя жители Илии просили у Абу-Убейды пощады и мира на том же условии уплаты поголовной подати и хараджа, на каком сдались жители городов сирийских, и еще с условием быть на таком же положении, как и равные им, и с тем, чтобы договор с ними заключил сам Омар… Омар приехал, остановился в ал-Джабии, что в округе дамасском, затем пошел в Илию, заключил мир с ее жителями и написал им в том грамоту». Город назван Илия.
