19 января 1797 г. директор Корпуса уже докладывал императору, что здание и все строения от Греческой гимназии приняты, а 97 ее воспитанников приняты в Морской корпус (52 были зачислены в кадеты, а остальные 45 – в гимназисты специальной Школы Корпуса для подготовки подмастерьев (ныне – ассистенты) для учителей).
В мае 1797 г. в рамках реализации указания императора были приобретены соседние дома по 11-й линии: сахарный завод английского купца Конавана и дом майора Червинского (на этом месте гораздо позднее будет построено здание Николаевской морской академии). Следующий приобретенный участок принадлежал вице-адмиралу Вилиму Петровичу Фондезину, который в свое время присоединил к себе дом И. А. Борисова по 12-й линии, примыкающий к зданию Корпуса (позднее это место займет корпус Столового (ныне Актового) зала, освященного 9 октября 1799 г.). После этого в столицу переехала основная часть кадетов, в соседнем доме разместился сам директор корпуса И. Л. Голенищев-Кутузов.
На реставрацию бывшего дворца графа Б. X. Миниха Павел I выделил 100 000 рублей, и 85 000 рублей субсидировала Адмиралтейств-коллегия. Вести строительные работы император поручил известному русскому архитектору и профессору Академии художеств Федору Ивановичу Волкову.
Работы по перестройке здания Корпуса были закончены 8 декабря 1797 г. 11 декабря император посетил обновленное здание, которое приняло вид, близкий к современному. Необходимо отметить, что император Павел Петрович, имеющий воинское звание генерала-адмирала, любил Морской шляхетный кадетский корпус, знал нужды кадетов и гардемаринов, а иных устраивал в него за счет своего адмиральского жалования.
Павел I утвердил новую форму воспитанников: зеленые двубортные мундиры и штаны, зимою одноцветные с мундиром, летом – белые; ботфорты, треугольная шляпа и кортик. Прежние гренадерские шапки были заменены другими, подобными каскам Павловского полка.
Особенное значение в истории Морского корпуса приобрело освящение построенного в ней храма, построенного еще при Греческой гимназии, намеченного на 6 ноября 1796 г. – в день памяти святого Павла Исповедника. Однако в этот день скончалась императрица Екатерина II, поэтому вряд ли освящение в тот день состоялось. Освящение состоялось уже после возвращения в здание Морского корпуса 15 марта 1797 г., которое произвел преосвященный Иннокентий, архиепископ Псковский. Законоучитeль в корпусе архимандрит Ксенофонт произнес проповедь.
Необходимо отметить, что после долгого периода закрытия храма (1918) в советский период, он был заново отремонтирован и открыт на своем историческом месте 28 марта 2010 года (протоиерей Александр (Паничкин Александр Филиппович). При этом к историческому названию храма в честь Святителя Павла Исповедника было добавлено «и в честь Святого праведного воина Федора Ушакова».
На следующий день (16 марта 1797 г.) директор Корпуса адмирал И. Л. Голенищев-Кутузов сообщил императору, что храм во имя Святого Исповедника Архиепископа Павла, коего память празднуется в день «всерадостнейшего восшествия» Павла на Всероссийский престол, освящен.
Тем не менее в истории Корпуса первоначально назначенную дату освящения храма 6 ноября оставили, и она стала и Днем Храмового праздника, и Днем самого Морского корпуса (Корпусной день). Этот день всегда отмечали торжественно. К праздничному обеду подавались традиционный гусь с яблоками и пломбир. Каждому воспитаннику индивидуально дарили конфеты в особой коробке с гербом Морского корпуса. Во время обеда в Столовом зале, где наряду с командным составом и гостями присутствовали и сами воспитанники, играл корпусной оркестр.
