По ходатайству нового начальника порта отставного капитан-лейтенанта С. И. Зубова39, уделявшего школе должное внимание, в 1777 г. был утвержден штат на 20 учеников (до того вообще никаких штатов не было, и назначения туда производились «по мере требования и имеемых средств»), с производством им жалованья по 54 руб. в год каждому, и созданы классы для обучения детей нижних чинов. Осуществляя первый выпуск морских специалистов, двух лучших из них он выпустил в штурманские ученики, укомплектовав школу по новому штату. В 1780 г., когда наводнение разрушило город, навигацкая школа была временно переведена в Гижигу, где функционировала до 1785 г.
Сменивший С. И. Зубова коллежский асессор Бензинг также деятельно занялся делами школы40. В ноябре 1780 г. он доносил губернатору о положении дел и своих шагах по наведению порядка: «В Охотской же навигацкой школе как для познания основания православной веры, так и вкоренения нравоучения всеобщего и других наук не имеется приличного и достаточного числа книг, а некоторые, хотя для научения навигации и имеются, только по долговременному употреблению их пришли в ветхость и негодность; сама же школа находится в больничном доме». Школа переводится им в дом умершего поручика Никонова, для нее приобретаются новые учебники. Он же отдает распоряжение: «Над обучающимися в навигацкой школе учениками, которых числом быть должно двадцать, иметь смотрение флота лейтенанту А. М. Юрлову, определяя вместо учителей штурманов и подштурманов, знающих и способных; при наступлении же первого числа каждого месяца или по третям год, в полном собрании охотских штаб и обер-офицеров, флота лейтенантам И. Синдту и А. Юрлову экзаменовать оных школьников и аттестовать каждого по оказанной к наукам прилежности». Тогда же по приказанию иркутского губернатора генерал-поручика Ф. Н. Кички в Охотск были присланы книги из иркутской библиотеки и предписано смотреть за школой А. Юрлову. Кроме того, Бензинг нанял для изучения в навигацкой школе латинского, французского и немецкого языков иностранного пастора, с жалованием 5 руб. в месяц. С уходом в 1784 г. Бензинга школа опять оказывается в упадке. Приказ общественного призрения, за счет которого в последнее время содержалась школа, отказал в ассигнованиях на нее (по неимению доходов), к тому же, из-за крайнего недостатка в штурманах, некого было и назначить там учителем.
В 1789 г. первый комендант (а не начальник) Охотска полковник Г. А. Козлов-Угренин (Козлов-Угреин), по ходатайству «совестного» (мирового) судьи И. Г. Коха, просит иркутского губернатора прислать для навигацкой школы учителя, книги (геометрию, тригонометрию, навигацию) и инструменты, сообщая, что хоть школа и существует, но учить в ней некому, и потому он, «чтобы не довести до упадка этого полезного учреждения, назначил в нее учителем штурманского ученика Должантова» Семена, переименовав его в унтер-офицеры. Адресат, «по неимению денежных средств», запросил через сибирского генерал-губернатора у Сената ежегодные правительственные ассигнования и, с императорского разрешения, Сенат постановил выделять на Охотскую школу по 4 274 руб. в год, начиная с 1 января 1790 г. Однако в том году на школу пошло лишь 3 446 руб. (и с каждым годом тратилось всё меньше, а в 1800 г. было израсходовано всего 8 руб. 90 коп.).
18 апреля 1795 г., докладывая Сенату о положении дел в Охотском порту, правитель Иркутского наместничества
