Руководство МГБ сменилось. 9 августа 1951 года Указом Президиума ВС СССР министром государственной безопасности СССР был назначен С. Д. Игнатьев. Через две недели было сформировано новое руководство МГБ. Первым заместителем остался Огольцов, но была введена должность еще одного первого зама, которую занял генерал-полковник С. А. Гоглидзе. Были сняты с постов заместителей министра Блинов, Селивановский, Королев, Макаров, Аполлонов. Рюмин был произведен в полковники и 20 октября назначен на пост замминистра и одновременно начальником следственной части.
Первые допросы Абакумова проводили представители прокуратуры, в частности заместитель Генерального прокурора СССР т. Мокичев. Вначале вопросы касались основного обвинения: «Почему вы долго не арестовывали Этингера, а после ареста запретили допрашивать о терроре, сказав Рюмину, что Этингер «заведет в дебри»?»
Абакумов отвечал: «Руководство 2 управления доложило мне, что Этингер является враждебно настроенным. Я поручил подготовить записку в ЦК. В записке были изложены данные, которые убедительно доказывали, что Этингер – большая сволочь. Это было в первой половине 1950 года, месяца не помню. Но санкции на арест мы не получали. А после того, как сверху спустили санкцию, я попросил доставить Этингера ко мне, так как знал, что он активный еврейский националист, резко антисоветски настроенный человек. «Говорите правду, не кривите душой», – предложил я Этингеру. На поставленные мною вопросы он сразу же ответил, что его арестовали напрасно, что евреев у нас притесняют. Когда я стал нажимать на него, Этингер сказал, что он честный человек, лечил ответственных людей. Назвал фамилию Селивановского, моего заместителя, а затем Щербакова. Тогда я заявил, что ему придется рассказать, как он залечил Щербакова. Тут он стал обстоятельно доказывать, что Щербаков был очень больным, обреченным человеком. В процессе допроса я понял, что ничего, совершенно ничего, связанного с террором, здесь нет. А дальше мне докладывали, что чего-то, заслуживающего внимания, Этингер не дает».
Абакумову также вменили в вину, что он не придал значения информации о создании в Москве молодежной подпольной группы «СДР» («Союз за дело революции»).
Абакумов заявил Мокичеву: «У меня были ошибки, недостатки и неудачи в работе. Это все, в чем я виноват… Утверждаю, что никаких преступлений против партии и Советского правительства я не совершал. Я был весь на глазах у ЦК ВКП (б). Там повседневно знали, что делается в ЧК…»
После ареста Абакумов обратился с первым и последним письмом к Сталину: «…Теперь по поводу заявления тов. Рюмина о том, что я якобы намекнул Этингеру, чтобы он отказался от показаний по террору. Этого не было и быть не могло. Это неправда. При наличии каких-либо конкретных фактов, которые дали бы возможность зацепиться, мы бы с Этингера шкуру содрали, но этого дела не упустили бы… Должен прямо сказать Вам, товарищ Сталин, что я сам не являюсь таким человеком, у которого не было бы недостатков. Недостатки имеются и лично у меня, и в моей работе… В то же время с открытой душой заверяю Вас, товарищ Сталин, что отдаю все силы, чтобы послушно и четко проводить в жизнь те задачи, которые Вы ставите перед органами ЧК. Я живу и работаю, руководствуясь вашими мыслями и указаниями, товарищ Сталин, стараюсь твердо и настойчиво решать вопросы, которые ставятся передо мной. Я дорожу тем большим доверием, которое вы мне оказывали и оказываете за все время моей работы, как в период Отечественной войны, так и теперь – в МГБ СССР».
