Долгие годы также активно муссируется мнение, что именно советское военное присутствие в Афганистане спровоцировало возникновение там движения исламского фундаментализма. Самое любопытное, что переписывание истории Афганистана в этом ключе проводится некими силами в России и за рубежом, которые к самой афганской оппозиции тех лет никакого отношения не имеют. Сами же лидеры афганских фундаменталистов, стоявшие у истоков этого движения давно не скрывают истинной причины зарождения исламского фундаментализма в Афганистане.
Уже «21 июля 1975 г. эмиссары „Мусульманской молодежи“ подняли антиправительственное восстание в Панджширской долине, а затем в провинциях Бадахшан, Логар, Лагман, Пактия и Нангархар.» (Жемчугов А. А. Кому мы обязаны «Афганом»? М.: Вече, 2012. С. 129).
Можно обоснованно констатировать, в Афганистане в 1979 году уже велась полномасштабная гражданская война, задолго до ввода туда Советских войск. События 1979 года в приграничных с Туркменией районах Афганистана больше всего напоминают фронтовые сводки.
В марте 1979 года, во время мятежа в городе Герат, последовала первая просьба афганского руководства о прямом советском военном вмешательстве (всего таких просьб было около 20). Но комиссия ЦК КПСС по Афганистану, созданная ещё в 1978 году, доложила Политбюро ЦК КПСС об очевидности негативных последствий прямого советского вмешательства, и просьба была отклонена.
19 марта 1979 года на заседании Политбюро ЦК КПСС Леонид Брежнев был поставлен вопрос о непосредственном участии наших войск в конфликте, возникшем в Афганистане. Брежнев сказал: «Мне думается, что нам сейчас не пристало втягиваться в эту войну. Надо объяснить… афганским товарищам, что мы можем помочь им всем, что необходимо… Участие наших войск в Афганистане может нанести вред не только нам, но и прежде всего им».
Однако из-за Гератского мятежа возле границ СССР, было проведено усиление советских войск у советско-афганской границы и по приказу министра обороны Д. Ф. Устинова началась подготовка к возможному десантированию в Афганистан 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии. Было резко увеличено число советских советников (в том числе военных) в Афганистане: с 409 человек в январе до 4500 к концу июня 1979 года.
Согласно мемуарам бывшего директора ЦРУ Роберта Гейтса, 3 июля 1979 года американский президент Джимми Картер подписал секретный президентский указ, санкционирующий финансирование антиправительственных сил в Афганистане. В своём интервью 1998 года французскому журналу Le Nouvel Observateur, Збигнев Бжезинский вспоминал: «Мы не толкали русских вмешиваться, но мы намеренно увеличили вероятность, что они это сделают». Согласно официальной версии истории, помощь ЦРУ моджахедам началась в течение 1980 года, то есть после того как советская армия вторглась в Афганистан 24 декабря 1979 года. Но реальность, державшаяся в секрете до сегодняшнего дня, является иной: на самом деле президент Картер подписал первую директиву о тайной помощи противникам просоветского режима в Кабуле 3 июля 1979 года. И в тот же день была написана докладная записка о том, что эта помощь повлечет за собой советское военное вмешательство.
Бывший директор ЦРУ Роберт Гейтс также утверждает в своих мемуарах, что американские спецслужбы начали помогать афганским моджахедам за шесть месяцев до советского вмешательства.
