В феврале 1918 года Ахмет-Заки Валиди вместе с другими членами башкирского правительства был арестован на два месяца Оренбургским губернским военно-революционным комитетом. К этому аресту Карим Хакимов, хотя и находился в том же городе и активно занимался политикой, не был причастен, поскольку вошел в органы советской власти Оренбурга только 11 апреля 1918 года[59]. К тому же он тогда был поглощен вопросами народного просвещения. Как пишет башкирский исследователь Н.М. Калмантаев, ссылаясь на справку, подготовленную З. Абитаевым, который входил в делегацию, направленную военной фракцией II Военного съезда для расследования причин ареста правительства «Малой Башкирии», отмечает, что арест произвел Гали Шамигулов. Об этом написала газета «Курултай» 18 марта 1918 года[60]. Однако факт остается фактом. Судьба свела двух исторических деятелей Башкирии в одном городе в один из самых драматичных периодов как ее истории, так и истории всей России. К.А. Хакимов лишь косвенно причастен к этому событию, поскольку являлся членом Мусульманского военно-революционного комитета, который выступил с инициативой ареста. Но решение принимал С.М. Цвиллинг, а арест произвел Г. Шамигулов, о чем и говорится в справке З. Абитаева. В воспоминаниях А.-З. Валиди в этом контексте его имя не упоминается, в отличие от С.М. Цвиллинга, который приходил к арестованному Валидову.
После освобождения из тюрьмы (или побега?) в ходе набега А.И. Дутова на Оренбург с апреля 1918 года Ахмет-Заки энергично восстанавливает жизнедеятельность башкирского правительства и занимается, как и Карим Хакимов, формированием башкирских частей. Однако, если Карим формировал мусульманские батальоны как интернационалистические, на платформе поддержки советской власти, то Ахмет-Заки делал это с прямо противоположных позиций, искал на первых порах поддержки у командования чехословацкого корпуса, руководства КОМУЧа, Временного сибирского правительства, других политических и военных сил, обосновывая это желанием сохранить автономию Башкортостана и его войско[61].
В этих условиях Карим Хакимов никак не мог поддерживать действия одного из родоначальников автономии Башкортостана – они находились по разные стороны баррикад, и вышеупомянутое решение Оренбургского губисполкома от 30 марта 1918 года, хоть и принятое без его участия, с осуждением сторонников «Малой Башкирии», окончательно развело их судьбы. Так он разошелся с одним из крыльев движения российских джадидов, делавших ставку на обособление тюркских народов от России (а по версии А.-З. Валиди – и от татар) в той или иной форме, как потом разойдется и с их другой ветвью, возглавляемой М. Султангалеевым и развивавшейся в форме национального мусульманского коммунизма.
Как благожелательно пишут составители сборника, изданного под эгидой правительства Башкортостана, «А.А. Валидов – организатор автономии Башкортостана. У истоков федерализма в России (1917–1920)», «основная цель А. Валидова и его единомышленников как в восточном Башкортостане, так и в Казахстане и Туркестане предельно ясна: в ходе фундаментальных политических перемен в России добиться максимальной автономной самостоятельности тюркских народов, скрепив их единство полным политическим и культурно-языковым равноправием в пределах федерации тюркских и других мусульманских народов. И это должно послужить основой для достижения со временем полной их самостоятельности и отделения от России»
