После гибели предводителя стали уезжать дворяне. Основой ополчения остались казаки. Между тем к полякам подошло подкрепление, свежий корпус Сапеги. Он прокатился по Руси, отметившись страшными зверствами. Людей сжигали, сажали на кол, рубили руки, ноги, женщинам резали груди. Набрав обоз продовольствия, корпус ударил по осаждавшим извне, гарнизон Москвы предпринял вылазку изнутри, и кольцо было прорвано. С этого момента полной блокады больше не было. У казаков не хватало для этого сил, они осаждали Москву только с востока и юга. Но не ушли, обосновались капитально. Понастроили острожки, соорудили «лавы» – наплавной мост через Москву-реку. А 15 сентября установили батарею мортир и стали обстреливать Китай-город калеными ядрами. Одно попали в сарай с сеном, и заполыхало. Защитники бежали в Кремль, а казаки полезли на стены. Но и сами не смогли продвинуться из-за пожара, охватившего весь Китай-город. А потом оккупанты согнали их со стены огнем артиллерии.
Однако выжгли Китай-город очень кстати. К Москве из Смоленска вел войско литовский гетман Ходкевич. Теперь же оказалось, что в столице ему разместиться негде. Ходкевич хотел было решить проблему иначе – уничтожить казаков. Вывел 10 тыс. воинов и атаковал острожки у Яузы. Но не тут-то было. Казаки уклонялись от рукопашной и осыпали врага пулями из-за укреплений, из-за торчавших на пепелищах печей. Конница на пожарище не могла развернуться, а пехота в атаках несла большие потери. Когда же поляки стали отступать, казаки нанесли контрудар, отсекли часть неприятелей, загнали в Яузу и перебили. И Ходкевич, потерпев поражение, разделил свои силы. Часть войска оставил в Москве, а сам ушел собирать припасы. Пошла затяжная тяжелая война. Казаки вели кровопролитные бои за овладение отдельными укреплениями, узлами обороны. А Ходкевич несколько раз прорывался с обозами, сменял гарнизон.
Россия лежала в полном развале. Ее уже опустошали все кому не лень – поляки, литовцы, шведы, украинцы, татары, разбойники. Но все шире разворачивалась народная борьба. Отряды партизан – «шишей» нападали на оккупантов. А в Нижнем Новгороде Минин и Пожарский стали формировать Второе земское ополчение. Когда об этом узнали поляки в Москве, они обвинили во всем Гермогена. Кричали на него, что это он мутит народ своими призывами. Требовали написать увещевание о роспуске ополчения. Патриарх-казак ответил: «Да будет над ними милость от Бога и от нашего смирения благословение, а на изменников да излиется от Бога гнев, а от нашего смирения да будут прокляты в сем веке и в будущем». 17 февраля патриарха не стало. Поляки уморили его голодом. Впоследствии Православная Церковь причислила его к лику святых.
Создание второго ополчения встревожило и Заруцкого. Он фактически подмял Трубецкого и совсем занесся. Сам себя наделял поместьями и вотчинами, вел игру в пользу Марины и «воренка». Нижегородцев воспринял как угрозу своему положению и планам и стал рассылать отряды для занятия городов, чтоб не отошли к Пожарскому. Да только казакам «воренок» был абсолютно не интересен. Они были сбиты с толку. Не знали, на кого же ориентироваться. А в Пскове в это время появился Лжедмитрий III – Матюшка Веревкин. И когда в подмосковные таборы пришло его воззвание, казаки забузили и присягнули ему – по крайней мере не иноземец. Заруцкий возражать кругу не посмел. А перед Пожарским встал трудный выбор. Объединяться с Заруцким и сторонниками «вора» было нельзя. И развязывать очередную междоусобицу он не хотел. Поэтому дошел только до Ярославля и остановился, собирая силы и формируя армию.
