Огромное внимание Аркадий Львович уделял проблеме лечения малярии: ведь ею болел каждый пятый. По инициативе Аркадия Львовича Гордона началась планомерная, хотя и весьма скромная по объёмам, борьба с малярией. Задача была невероятно трудной. Решить её мешала безграмотность населения, зачастую полагавшего, что источником распространения инфекции является не комар, а редкие фрукты и болотные «миазмы», а также обширность неосвоенных и заболоченных территорий. Молодой врач начал вести просветительскую и санитарную работу, разъясняя, как происходит заражение, какие возможно принять меры. Он использовал новый, опробованный уже метод лечения хинином. В 1903 году Гордоном была опубликована научная статья «К характеристике малярии на Черноморском побережье Кавказа» в сборнике Пироговской комиссии Общества по борьбе с малярией, члены которой приезжали в Сочи по просьбе доктора. В основу решения данной медицинской и социальной проблемы в этот и последующие периоды были заложены передовые на тот момент научные знания, которые Аркадий Львович, в совершенстве владея французским языком, черпал во время заграничных стажировок во Францию. И хотя решить до революции эту проблему не удалось, но количество заболевших уменьшалось год от года.
Благодаря настойчивости молодого доктора началось строительство новой лечебницы, проект которой возглавил городской архитектор А. Я. Буткин. Место было выбрано в центре, в районе современной улицы Тоннельная под горой Батарейка. Над этим местом впоследствии была сделана выемка грунта для строительства железнодорожного тоннеля, и больница разрушилась в 1910 году в результате оползня. Таким образом, больница проработала недолго, с 1902 по 1910 г. В отличие от прежней амбулатории, она была уже на 30 мест, и в ней были операционный блок, инфекционный изолятор и прозекторская. Строительство первой городской больницы в Сочи позволило наладить медицинскую, особенно оперативную, помощь населению, а перед Аркадием Львовичем открылись новые профессиональные горизонты, но, к сожалению, всё изменил 1905 год.
Hoc erat in fatis (Это было предначертано судьбой)
Являясь человеком неравнодушным и энергичным, Гордон имел свои политические убеждения. По мнению его родственников, он был «левых убеждений». Не чужды ему были идеи Маркса. В материалах предварительного следствия А.Л. Гордону вменяли председательство в комиссии по выработке инструкции милиции, председательство в народном суде, участие в обезоруживании стражи, побуждении народа к свержению самодержавия. После поражения сочинского вооруженного восстания Аркадий Львович был арестован и помещен в тюрьму. Его освобождению во многом способствовала его будущая супруга Мария Яковлевна Гордон (до замужества Акимова-Перетц), имевшая на тот момент сына от первого брака, впоследствии усыновлённого А.Л. Гордоном, Кирилла Аркадьевича – продолжателя семейных традиций. Должность городского врача Аркадий Львович занимал до 1905 года; впоследствии ему было запрещено занимать государственные должности за участие в Сочинском восстании 1905-1906 годов.
В период от восстания 1905 до революции 1917 года Аркадий Львович продолжил свою профессиональную деятельность в виде частной медицинской практики, хотя и существенно ограниченную наложенными судебными запретами. После освобождения ему запретили занимать какие-либо государственные должности, в том числе должность городского врача. Отогревшись после заключения в созданном семейном уютном гнезде, где он нашел любовь и душевную заботу Марии Яковлевны, подарившей ему в 1907 году их первого совместного сына Льва, а в 1910 году – дочь Елизавету, А. Л. Гордон за три года частной практики смог восстановить свою репутацию одного из лучших врачей города.
