Ключ к шифру вручали непосредственно тому лицу, с кем надлежало переписываться. Иногда части ключа могли пересылаться нарочными. Для этого их упаковывали в конверт, который опечатывался несколькими сургучными печатями. На конверте иногда писалось имя нарочного. Так, в 1709 году Я. В. Полонскому было поручено следить за движением войска бобруйского старосты и не допустить его соединения с корпусом шведского генерала Крассау. Я. В. Полонский был обязан применять шифр. «При этом посылаем к вам ключ, – писал Петр, – и ежели сей посланный здорово с им поедет, и о том к нам отпиши, дабы мы впредь нужные письма могли тем ключом писать и посылать».
Сообщения корреспондентов, полученные КИД, читались секретарями экспедиции при получении их с почты, написанные шифром разбирались ими или подчиненными им нотариусом-регистратором, канцеляристом и копиистами. После этого секретари были обязаны, если президента и вице-президента в КИД не было, посылать эти реляции к ним домой, а во время заседаний КИД о них докладывать, записывать налагаемые на них резолюции и составлять в ответ рескрипты.
Эти рескрипты прочитывались на следующем заседании, причем, согласно приказу от 5 апреля 1716 года, и черновые их списки, и переписанные начисто подписывались всеми членами КИД и скреплялись секретарем. Потом текст рескрипта зашифровывался и направлялся в соответствующий адрес с курьером. Вся работа КИД была строго регламентирована. Вход в апартаменты КИД позволялся только лицам, которые там служили. Инструкция от 11 апреля 1720 года, в которой было установлено устройство КИД, заканчивалась предписанием, как хранить государственные печати и «цифирные азбуки».
Для сохранения письма в тайне применялись соответствующие охранные мероприятия. Так, письмо Петра I барону Георгу Бенедикту Огильви от 17 февраля 1706 года сопровождалось такой записью: «Февраля в 17 день цыфирью Реновою. А посланы в 22 день; замешкались за тем, что азбуку переписывали и в пуговицу вделывали. Посланы с маером Вейром».
Присылались в КИД такие азбуки в конвертах, которые опечатывались красными сургучными печатями, однако не государственными, а личными отправителей. Пересылали шифры довольно часто, ведь срок их действия был ограничен, и документы, у которых закончился срок действия, направлялись в КИД.
Постоянно шифрованная переписка осуществлялась с дипломатическими представителями России за рубежом, в частности: при венском дворе – П. А. Голицыным, И. Х. Урбихом, П. И. Беклемишевым, А. П. Веселовским; при прусском дворе – с Альбрехтом Литом, а затем с А. Г. Головкиным. Специальные шифры для переписки с российским двором имели: А. А. Матвеев – посол в Англии, Голландии, Австрии; Б. И. Куракин – посол в Риме, Лондоне, Нидерландах, Ганновере, Париже, и много других дипломатов, чьи шифры сохранились.
Часто зашифровывались письма и коронованных корреспондентов – польского короля Августа II, прусского короля Фридриха, хотя чаще эту переписку вели министры и вельможи союзных государств: И. Ф. Арнштедт, Я. Г. Флеминг, польскую – Ян Шембек, А. Н. Синявский, К. Ф. Шанявский, С. Денгоф, датскую – Юст Юль. Переписка эта касалась вопросов международной политики, заключения союзных договоров и военных вопросов. Шифрованная переписка прусского короля находилась в руках его министра И. Г. Кайзерлинга. Существовала секретная переписка России и Молдавии. Известны шифрованные письма Михаила Раковицы, молдавского посланника Георгия Кастриота. Кратковременные дипломатические миссии также сопровождались вручением секретной «азбуки» лицу, которое следовало из России за границу.
