Одним из первых шагов в деятельности ВЧК было задержание 18 декабря нескольких членов «Союза защиты Учредительного собрания» (И. Г. Церетели, В. М. Чернова, Ф. И. Дана, Л. М. Брамсона, А. Р. Гоца и других – всего 12 человек). Это задержание было произведено членом коллегии ВЧК С. Е. Щукиным по ордеру, подписанному Ф. Э. Дзержинским и И. К. Ксенофонтовым. Левые эсеры, которые входили тогда в состав Совета Народных Комиссаров, возражали против этой меры, а их представители в правительстве – нарком юстиции И. 3. Штейнберг и член коллегии Наркомюста В. А. Карелин, используя свое служебное положжение, освободили задержанных. Возник конфликт, разбиравшийся 19 декабря на заседании Совета Народных Комиссаров. Правительство признало действия Штейнберга и Карелина неправильными, указав, что «какие бы то ни было изменения постановления комиссии Дзержинского, как и других комиссий, назначенных Советами, допустимы только путем обжалования этих постановлений в Сов[ет] Н[ародных] Ком[иссаров]». Совнарком отметил, что задержание членов «Союза защиты Учредительного собрания» было произведено по его указанию «для выяснения личностей», то есть не в судебном, а в административном порядке. Этот акт не повлек за собой никакого дознания, следствия или судебного процесса. После этого инцидента Штейнберг разработал и представил в СНК проект положения о ВЧК, в котором попытался свести к минимуму полномочия, а следовательно, и эффективность работы Чрезвычайной комиссии. Но В. И. Ленин внес поправки почти в каждую статью проекта.
В постановлении, принятом Совнаркомом 21 декабря, ВЧК признавалась органом «беспощадной борьбы с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией», находящимся под ближайшим наблюдением Народного комиссариата юстиции, Народного комиссариата внутренних дел и президиума Петроградского Совета. Устанавливалось, что ВЧК действует на основе инструкции, вырабатываемой ею, НКЮ и НКВД, результаты же своей работы передает в Следственную комиссию при революционном трибунале или прекращает дело. Левые эсеры настаивали, чтобы ВЧК подчинялась НКЮ (фактически – им, так как левые эсеры стояли во главе НКЮ), чтобы аресты, имеющие политическое значение, производились с ведома НКЮ и НКВД. Совнарком по предложению В. И. Ленина постановил, что ВЧК производит такие аресты самостоятельно с извещением об этом НКЮ и НКВД. Далее подчеркивалось, что неурегулированные конфликты между ВЧК, НКЮ, НКВД и президиумом Петроградского Совета «восходят на окончательное разрешение Совета Народных Комиссаров, не останавливая обычной деятельности [и оспоренных мер…]… соотв[етствующих] К[омис]сий».
31 января 1918 г., рассмотрев вопрос «О точном разграничении функций существующих учреждений розыска и пресечения, следствия и суда», Совнарком постановил: «В Чрезвычайной комиссии концентрируется вся работа розыска, пресечения и предупреждения преступлений, все же дальнейшее ведение следствий и постановка дела на суд предоставляется Следственной комиссии при трибунале».
Таким образом, ВЧК была учреждена как административно-политический орган розыска, пресечения и предупреждения контрреволюционных преступлений. Ей предоставлялось право вырабатывать меры борьбы, применять в отношении контрреволюционеров административные меры (конфискация, выдворение, лишение карточек, опубликование списков врагов народа и т. п.).
