Во время беспорядков 58—55 гг. до н. э. Птолемей XII был свергнут и изгнан из Египта, царицей стала его старшая дочь Береника. Восстановленный на престоле силами римского наместника Сирии Габиния, Птолемей XII устраивает резню, репрессии и убийства, жертвой которых пала и Береника. Птолемей XII Авлет удерживался у власти лишь благодаря римскому присутствию, что сильно сказывалось и обременяло финансы Египта.
Осенью 56 года до н. э. Габиний обвинил египетские власти в покровительстве пиратам и в подготовке мощного флота, создававшего угрозу римскому господству на море. Под этим предлогом он ввёл свои войска в Египет. Антонию поручалась важная задача по захвату стратегически важного пункта, через который лежал путь на Александрию. Кавалерия Марка быстро прошла через пустыни Синая и солёные заболоченные лагуны Суэцкого перешейка.
Отряд еврейских наёмников на египетской службе открыли ворота римлянам. Прибывший в город с основными войсками Птолемей XII распорядился казнить местных жителей за то, что они признали новую царицу Беренику, его старшую дочь, но Марк заступился за них и уговорил царя отказаться от казней. Вскоре недалеко от Александрии состоялась битва Птолемея XII и Габиния против войск Береники. Исход этого сражения решил Антоний, который завёл римскую конницу в тыл египтянам и тем самым решил исход сражения.
После взятия Александрии Марк нашёл тело мужа Береники, они были знакомы и раньше. Он похоронил его с царскими почестями, чем заслужил уважение египтян. По преданию, именно во время экспедиции осенью 56 года до н. э Габиния Марк Антоний впервые увидел юную дочь Птолемея Клеопатру и влюбился с первого взгляда. Вскоре Габиний вместе с Антонием покинул Египет, чтобы подавить новый мятеж в Иудее. Птолемей XII не смог выплатить всю обещанную сумму взятки.
В 54 году до н. э. истекал срок наместничества Габиния в Сирии, он покинул провинцию. Наместник вернулся в Рим ночью, желая остаться незамеченным, о триумфе за победы в Иудее и Египте не было и речи. В Риме против него выдвинули несколько обвинений, Авл Габиний разграбил вверенную ему провинцию. Покровитель Габиния Помпей старался защитить своего старого соратника, но, в конце концов, его осудили и изгнали.
Антоний же суда избежал, хотя многие сенаторы были настроены к нему недоброжелательно.
Осенью 54 года до н. э. Марк по приглашению Цезаря, который набирал молодых талантливых офицеров, отправился в Галлию для завершения Галльской войны. Антоний мог остаться в Сирии и принять участие в походе нового наместника провинции Марка Красса против Парфии. Выбор в пользу Цезаря был обусловлен жаждой лёгкой наживы: было хорошо известно, что Цезарь беззастенчиво грабит Галлию. Осенью 54 года до н. э. Антоний прибыл к Цезарю в Галлию, Антоний был трибуном легиона и префектом кавалерии, как и у Габиния.
В 53 году до н. э. Цезарь отпустил Антония в Рим для участия в выборах квесторов. Поскольку выборы задержались, Антоний находился в Риме, когда в январе 52 года до н. э. был убит Клодий, над убийцами состоялся суд. После суда и выборов он отправился к Цезарю, который столкнулся со всеобщим восстанием галлов.
Вскоре Марк присоединился к армии своего полководца, он руководил римскими резервами при первом нападении галлов. Зимой 52—51 годов до н. э. Цезарь оставил Антония комендантом своего зимнего лагеря. Марк вместе с Цезарем принял участие в последних карательных операциях против недовольных римским владычеством галлов.
