Б.И.Куракин весьма нелестно характеризовал род Лопухиных, оказавшийся «на виду» по случаю: «… люди злые, скупые ябедники, умов самых низких и не знающие нимало в обхождении дворовом… И того к часу все их возненавидели и стали рассуждать, что ежели придут в милость, то всех погубят и государством завладеют. И, коротко сказать, от всех были возненавидимы и все им зла искали или опасность от них имели». Евдокия оказалась замешана в Стрелецком бунте; в дальнейшем продолжала общаться с политическими противниками мужа.
В царской семье родилось трое сыновей: Алексей (1690-1718), а также Александр и Павел, умершие в младенчестве. Ок. 1691-1692 у Петра начался роман с А.Монс и отношения с женой еще более ухудшились. Петр пытался уговорить Евдокию принять добровольный постриг, но она отказалась, ссылаясь на малолетство сына. 23 сентября 1698 Евдокию под конвоем отправили в Суздальско-Покровский монастырь, где она была пострижена под именем Елены. В 1709 или 1710 Евдокия стала жить как мирянка и сошлась с майором Степаном Глебовым, которого знала с детства.
Посланный для розыска капитан-поручик Скорняков-Писарев доставил прелюбодеев в Москву. 20 февраля 1718 в Преображенском застенке состоялась очная ставка С.Глебова и Е.Лопухиной. Майор не стал отпираться: «И сошелся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно». Старицы Мартемьяна и Каптелина, выступавшие свидетельницами, показали, что своего любовника «инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон». Повинилась во всем и сама Евдокия: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата».
С.Глебова обвиняли также в государственной измене и подстрекательстве народа «против Его величества». Но этой вины он за собой не признал. Австрийский дипломат Плейер писал на родину: «Майор Степан Глебов, пытанный в Москве страшно кнутом, раскаленным железом, горящими угольями, трое суток привязанный к столбу на доске с деревянными гвоздями, ни в чем не сознался». С.Глебова посадили на кол и он мучался 14 часов, прежде чем умереть. По слухам, Евдокию заставили присутствовать при казни и не позволяли закрывать глаза и отворачиваться.
В 1718 Евдокия Лопухина была переведена в Ладожский Успенский монастырь, где провела семь лет под строгим надзором. Согласно легенде, перед отправкой она прокляла новую столицу Петра: «Месту сему быть пусту!». В 1725 Евдокию отправили в Шлиссельбург, где держали в строгой изоляции. С воцарением своего внука Петра II она была с почетом возвращена в Москву и жила сначала в Вознесенском монастыре в Кремле, затем в Лопухинских палатах Новодевичьего монастыря. Ей было дано большое содержание и особый двор. Имеются свидетельства, что в 1730 Евдокия Федоровна отказалась от престола, предложенного ей членами Верховного тайного совета. Умерла 28 августа (7 сентября) 1731 при правлении императрицы Анны Иоанновны, которая относилась к ней с большим уважением. Похоронена в соборной церкви Новодевичьего монастыря.
В 1703 в разгар Великой Северной войны, результатом которой стало значительное расширение территорий России в Прибалтике, Петр встретил свою будущую жену Марту Самуиловну Скавронскую (1684-1727). Точные сведения о ее происхождении и молодых годах не сохранились. По одной из версий, родилась на территории исторической области Видземе, входившей тогда в состав шведской Ливонии в семье латышского или литовского крестьянина. По другой версии, будущая императрица родилась в Дерпте (ныне Тарту, Эстония) в семье местных земледельцев. В юности прислуживала в доме пастора Глюка, где обучилась грамоте и рукоделиям. В возрасте 17 лет вышла замуж за шведского драгуна Иоганна Крузе (Johan Cruse), который вскоре отправился на войну и затем пропал без вести.
