В управлении католической церковью папскую канцелярию заменила римская курия, состоявшая из кардинальской коллегии и канцелярии. Главным органом стала апостольская камера курии, которая была казначейством и министерством финансов. Камера заведовала чеканкой монет, она являлась административным трибуналом, решала судебные дела. В апостольскую камеру поступали все церковные доходы. Руководитель камеры камерленго был доверенным лицом папы. Из их числа часто избирали пап. Глава апостольской камеры руководил церковью в период междупапства, организовывал новые выборы.
Большую роль играла консистория, совет кардиналов, высших после папы духовных лиц католической церкви. С V по XI века звание кардинала носили священники, служившие в приходских храмах. Свое высокое положение выше архиепископа кардиналы заняли после 1059 года. Тогда на Латеранском соборе был принят декрет, по которому именно кардиналы из своей среды выбирали папу на конклаве. Cum clave – «запертые на ключ», так называли учрежденную папой Григорием VII (1073-1085) коллегию кардиналов, выбиравшую нового первосвященника в изолированном от внешнего мира помещении. Одетых в красную мантию и шапочку кардиналов не должно быть больше семидесяти, но обычно их всегда было в два раза меньше.
Канцелярия курии управляла делами, выдавала дипломы, свидетельства, охранные грамоты. Церковно-судебными делами ведал Верховный суд-трибунал.
В начале XIV века французский король Филипп IV обложил налогами духовенство. Папа Бонифаций VIII заявил, что готов низложить короля: «Римский первосвященник, наместник Всемогущего Бога, повелевает королям и королевствам; он проявляет первенство над всеми людьми». Папа отлучил Филиппа IV от церкви, но французские герцоги, графы и бароны не возмутились. Король послал специальный отряд, который ворвался в замок папы и потребовал у него отречения. Бонифаций VII ответил: « Я не отрекусь. Если я должен умереть, то умру, но умру папой». Бонифаций умер в Риме. С 1309 по 1377 год, с перерывом в 1367-1370 годах, римские папы находились в «вавилонском плену» в Авиньоне, во Франции, в политической зависимости от французских королей. В 1377 году под властью римских первосвященников оставались только Рим и Римини.
Папы вернули все нити управления католической церковью и в течение XV века и первую половину XVI века с помощью союзов с католическими государствами оставались единственным негосударственным органом в Европе, говорившем государям, погрязшим в воинах и междоусобицах, о человеческих ценностях.
С XIII века мировое могущество римских пап сделалось силой, не имевшей себе равных в христианских странах. Победа римских пап над императорами из дома Гогенштауфенов, деятелей создателей двух нищенствующих монашеских орденов Франциска и Доминика обеспечили Римской католической церкви огромное влияние на жизнь народов Западной Европы. Однако после «Авиньонского плена пап» (1309-1377), «Великого раскола» (1378-1417), Пизанского (1409), Констанцского (1414-1418) и Базельского (1431-1449) годов соборов в Западной Европе началось движение по религиозному обновлению католической церкви. Во главе реформации встал монах-проповедник и профессор Виттенбергского университета Мартин Лютер (1483-1546). В 1517 году он стал публично отрицать учение католической церкви, на основании злоупотреблений духовенства. Мартин Лютер и его последователи выступали против индульгенций, заранее отпускавших грехи при жизни человека. Лютер перевел на немецкий язык Библию, которая была быстро размножена и получила самое широкое распространение. Движение за христианские реформы быстро распространялось по Европе. Ближайшими последователями Мартина Лютера стали Цвингли (1481-1531) в Швейцарии и Южной Германии, Кальвин (1509-1569) в Женеве, английский король Генрих VII, правивший в 1509-1547 годах.
