Это событие произошло в праздник Чуда архангела Михаила в Хонех, и Алексий дал обет после благополучного возвращения в Москву основать мужскую обитель, тем более что татары, обрадованные чудесным исцелением, подарили Алексию земли на территории Кремля, где у них располагался посольский двор.
Монастырские здания разместили на Ивановской площади, напротив колокольни Ивана Великого. Неподалеку находилась женская Вознесенская обитель. Чудов, или Николаевский, дворец был выстроен гораздо позже. Главный соборный храм монастыря во имя Чуда архангела Михаила в Хонех являлся самым древним сооружением на территории обители, его выстроили на месте старой деревянной церкви в 1503 г.
Эта святыня посвящалась чудесному спасению архангелом целебного источника в Древней Фригии и христианскому храму, воздвигнутому при этом источнике. По преданию, язычники направили воду двух рек на уничтожение источника и храма, но вмешался архангел Михаил, который изменил течение воды и направил ее в расселину – хоны. Так был спасен и святой источник, и христианская церковь.
Соборный храм Чуда архангела Михаила в Хонех явился зримым воплощением памяти о святом митрополите Алексии. В 1378 г. Дмитрий Донской и все духовенство решили похоронить Алексия в этом храме.
В конце XV столетия в монастыре была возведена Алексеевская церковь. После этого при большом стечении народа святые мощи митрополита Алексия были перенесены на новое место. Этот храм был единственным в своем роде в Москве: сюда строго воспрещался вход женщинам. Сейчас мощи митрополита Алексия покоятся в Благовещенском Елоховском соборе.
Время от времени в Чудов монастырь отправляли в заключение людей, неугодных властям. Например, в XV столетии по приказу великого князя Василия Темного в монастырскую келью был заключен митрополит Исидор. Он был вероотступником: на Флорентийском соборе подписал документ о воссоединении православной и латинской церкви. Когда весной 1441 г. Исидор возвратился из Италии, перед ним несли католический крест. Совершив литургию, отступник-митрополит во всеуслышание прославил имя Папы Римского. По тогдашним временам эта акция являлась серьезным преступлением. Исидор отправился в темницу, а унию православный русский народ все равно отказался принять.
В начале XVII столетия монахом Чудова монастыря насильно сделали царя Василия Шуйского. В Смутное время узником монастырской темницы стал святой митрополит Гермоген, пострадавший от захвативших власть поляков. Несмотря на свою старость и немощь, митрополит стал душой русского ополчения. Даже в заключении он не прекращал борьбы против интервентов: по всей России летели его грамоты с призывом не подчиняться новой преступной власти и встать на защиту Отечества. Поляки требовали, чтобы Гермоген отменил восстание российских городов, но безуспешно. Враги перестали кормить старца: давали ему в неделю сноп овса и совсем немного воды. Не вынеся этих нечеловеческих условий содержания, Гермоген скончался. Как раз в это время к Москве уже подходили дружины из 25 городов России.
В 1666 г. произошел раскол Русской православной церкви. В церкви Благовещения в Чудовом монастыре собрались Вселенские патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский, чтобы совершить суд над патриархом Никоном. Публично огласив прегрешения патриарха, иерархи лишили Никона сана и сняли с него клобук и панагию. Тем не менее реформы Никона в России были признаны правильными.
