Эвакуация с Керченского полуострова продолжалась с 15 по 20 мая 1942 г. По приказу вице-адмирала Ф. С. Октябрьского в район Керчи с ближайших баз и портов собрали баржи, сейнеры, тральщики, боты, баркасы и буксиры, торпедные и сторожевые катера. Всего удалось эвакуировать около 140 тыс. человек. В ночь на 20.05.1942 на корабли под огнем минометов и пулеметов погрузились последние подразделения, прикрывавшие эвакуацию остатков войск Крымского фронта на Таманский полуостров. После захвата немцами города защитники Керчи ушли в Аджимушкайские каменоломни. Директивой Ставки Крымский фронт и Северо-Кавказское направление были ликвидированы. Остатки войск направлялись на формирование нового Северо-Кавказского фронта.
Точно подсчитать истинные потери сторон в Керченской операции не представляется возможным из-за неполноты сведений и утраты многих документов. Манштейн в своих воспоминаниях пишет о 170 000 взятых в плен солдат и офицеров Красной Армии. Франц Гальдер указывает цифру в 150 000 пленных. Федор фон Бок утверждает, что было захвачено около 170 000 пленных. Роберт Фуржик пишет о 28 000 убитых и 147 000 пленных. Максимилиан Фреттер-Пико более осторожен в оценке и утверждает, что было взято в плен 66 000 человек.
С 8 мая 1942 г. Крымский фронт потерял 162 282 человека, 4646 орудий и минометов, 196 танков, 417 самолетов, 10 400 автомашин, 860 тракторов. На Таманский полуостров удалось эвакуировать около 140 тыс. человек, 157 самолетов, 22 орудия и 29 установок PC. Немцами в качестве результата операции «Охота на дроф» было заявлено в документах о 170 тыс. пленных, захвате и уничтожении 258 танков и 1100 орудий (А. В. Исаев, канд. ист. наук).
4 июня 1942 года Ставка ВГК объявила виновным в «неудачном исходе Керченской операции» командование Крымского фронта. Армейский комиссар 1-го ранга Мехлис был снят со всех постов и понижен в звании до корпусного комиссара. Генерал-лейтенант Козлов снят с поста командующего фронтом и понижен в звании до генерал-майора. Командующий 44-й армией генерал-лейтенант Черняк снят с поста, понижен в звании до полковника и направлен в войска с целью «проверить на другой, менее сложной работе». (В боях будет дважды тяжело ранен и закончит войну в звании генерал-майора.)
Сражение за Керчь было крайне тяжелым и кровопролитным. Это подтверждают и немецкий фельдмаршал, и русский солдат. Генерал-фельдмаршал Манштейн в своих мемуарах пишет: «Незабываемое зрелище открывалось с высоты вблизи города Керчь, где мы встретились с генералом фон Рихтгоффеном. Перед нами был берег, на котором стояло несметное количество разных машин. Советские катера предпринимали все новые попытки подойти к берегу, чтобы взять на борт хотя бы людей, но наши отгоняли их огнем. Чтобы добиться капитуляции последних остатков сил противника, отчаянно оборонявшихся на берегу, огонь всей артиллерии был сосредоточен на этих последних опорных пунктах. Все дороги были забиты брошенными машинами, танками и орудиями противника. На каждом шагу навстречу попадались длинные колонны пленных».
Эрих фон Манштейн, вспоминая пленных, почему-то в своих мемуарах умалчивает о том, что во многих подразделениях вермахта, выполняя секретный приказ, поступивший из его штаба в устной форме, командиры за день до наступления отдали распоряжение: «Красноармейцам перевязок делать не следует, ибо немецкой армии некогда возиться с ранеными! Комиссаров и политработников при взятии в плен немедленно уничтожать, применяя оружие!»
