Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 г. был образован руководящий главный штаб, который координировал деятельность по этим вопросам с командованием соединений и частей Советской Армии, дислоцировавшихся на территории Литвы.
В феврале 1945 г. пять полков НКВД вместе с наступающими войсками Советской Армии из Литвы были переброшены в Восточную Пруссию. Часть из них (13-й, 86-й и 132-й) в июне 1945 г. были возвращены обратно, а остальные расформированы – в связи с окончанием Великой Отечественной войны. Войска НКВД охраны тыла 1-го Прибалтийского фронта (31-й, 33-й и 216-й полки) так же сначала разместили на территории республики, потом их отправили в Восточную Пруссию, а затем снова вернули обратно. Правда, потом 216-й полк заменили да 217-й пограничный полк, который входил в состав Белорусского фронта. Из Латвии в Литву в июне 1945 г. перебросили 12-й и 13-й пограничные полки. Затем 217-й пограничный полк был преобразован в 220-й пограничный полк. Его не отправили в Восточную Пруссию, зато его военнослужащим пришлось участвовать в ликвидации повстанческих отрядов.
В течение 1944–1945 гг. в ликвидации «лесных братьев» участвовали семь пограничных полков: сначала 94-й, 95-й, 97-й, 23-й, а затем 113-й, 115-й и 116-й. Первые четыре из них участвовали в контрпартизанской борьбе до февраля 1945 г., затем 23-й полк направили для охраны побережья Балтийского моря, охранять границу между Литвой и Восточной Пруссией назначили 97-й и, частично, 95-й полк. А обеспечивать непроходимость границы между Литвой и Польшей возложили на 94-й и 95-й полки. Эти подразделения, численностью до 1000 человек, боролись с «лесными братьями» в пограничной полосе шириной 50–70 км, а также ловили тех, кто пытался тайно перейти сухопутную границу. К концу 1947 г., когда граница была полностью оснащена инженерно-техническими средствами охраны, оборудована минными полями и размещены пограничные посты, нелегально пересечь ее стало очень опасно. Это привело к тому, что западные разведки были вынуждены забрасывать своих агентов морским или воздушным путем.
Части и подразделения 4-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД (при содействии соединений и частей Советской армии) участвовали с 1944 по 1945 год в 1764 операциях и 1413 боевых столкновений. В ходе них было убито и захвачено в плен 30 596 повстанцев и собрано 17 968 единиц стрелкового оружия.
Прибалтийские историки выделяют три этапа борьбы войск советской госбезопасности с повстанцами.
Первый этап продлился с 1944 по 1945 год. В это время советское командование активно использовало так называемую тактику «Каменного казака» «Tartar-Cossak». На практике это означало проведение контрпартизанских операций на территории всей республики.
Второй этап начался в марте 1946 г., когда войска были размещены в более чем 200 гарнизонах, и закончился в 1948 г., когда были подавлены основные очаги сопротивления повстанцев.
Третий этап начался в 1949 г., когда большинство населения Литвы начало поддерживать советскую власть.
Непосредственное участие в облавах, обысках и арестах принимали не все военнослужащие полков НКВД, средняя численность каждого из которых – примерно 1500 солдат и офицеров. Из них только 700–800 человек участвовали в боевых операциях. Остальные охраняли штаб полка и командование трех батальонов, а также служили в вспомогательных подразделениях: связь, транспорт, медицина, снабжение и т. п.
