Применение Закона о гражданстве привело к ситуации, когда значительная часть населения Эстонии оказалась после развала СССР вовсе без какого-либо гражданства. В начале 1990-х гг. особая проблема апатридов – бывших советских граждан – заключалась в том, что эстонские власти не признавали их статус, считая, что если Россия провозгласила себя правопреемником СССР, то и бывшие граждане СССР должны считаться гражданами РФ (если не имеют иного гражданства). В данном случае было намерение решить вопрос о гражданстве бывших поданных СССР без учета их мнения и желания. Эта политика в основном проводилась через затягивание предоставления лицам без какого-либо гражданства документов для зарубежных поездок. С учетом норм и принципов международного права такой подход был слишком спорным, поэтому от него отказались, хотя и не сразу.
При обсуждении с Эстонией вопроса о гражданстве Россия обычно ссылается на подписанный 12 января 1991 г. Договор об основах межгосударственных отношений между РСФСР и Эстонской Республикой. Параграф 1 Статьи 3 установил, что стороны соглашения берут на себя обязанность обеспечить лицам, которые в момент подписания живут на территории ЭР и РСФСР и являются гражданами СССР, право сохранить или получить гражданство ЭР или РСФСР «по их свободному волеизъявлению». Согласно параграфу 3 этой же статьи, «связанные с гражданством вопросы, представляющие для сторон интерес, согласуются особо в двустороннем соглашении, которое основывается на международных нормах». Статья 4 договора предоставила всем лицам вне зависимости от национальности право выбирать гражданство согласно законодательству страны проживания и договору, заключенному между РСФСР и ЭР по вопросам гражданства.
Наиболее предпочтительным толкованием этих статей станет предположение, что в них рассматривается применение и в России, и в Эстонии так называемого нулевого варианта, то есть предоставление гражданства всем желающим. Однако декларативные положения договора так и не были раскрыты в специальном соглашении, причем противилась этому эстонская сторона.
Согласно статье 18 «старого» Закона о гражданстве РФ, первая редакция которого была принята еще в ноябре 1991 г., на российское гражданство могли претендовать «граждане бывшего СССР, проживающие на территориях государств, входящих в состав бывшего СССР, …если они до 31 декабря 2000 г. заявят о своем желании приобрести гражданство Российской Федерации». В Эстонии в отношении бывших подданных СССР, которые не были признаны гражданами ЭР по «восстановленному» Закону 1938 г., изначально применялась процедура натурализации, и они пользовались льготами лишь в том, что касалось требований к цензу оседлости.
В докладе отражена ситуация по состоянию на февраль 2004 года. С этого времени эстонское законодательство претерпело некоторые изменения. Прежде всего следует упомянуть сокращение на шесть месяцев общего срока, необходимого для прохождения процедуры натурализации. Также изменилась процедура получения гражданства инвалидами. В контексте прав неграждан внимания заслуживают и поправки к Закону о трудовом договоре, которые ввели в эстонское законодательство детальные нормы по борьбе с дискриминацией на рынке труда.
Вступление в Евросоюз и упрощение некоторых бюрократических процедур привело к увеличению темпов натурализации в Эстонии в 2004 г. – начале 2005 г. по сравнению с аналогичным предыдущим периодом.
