В 1992 – 1998 археологической экспедицией под руководством П. Е. Сорокина проводились раскопки, в результате которых в 2001 году территория между Невой и левым берегом устья Охты была официально объявлена археологическим памятником и взята под охрану государства.
Таким образом, планируя строительство Охта-центра, застройщик (Газпром) был обязан сначала профинансировать археологические исследования на этой территории.
С 2006 по 2010 год на территории объекта культурного наследия «крепость Ниеншанц» были проведены беспрецедентные по масштабам охранные археологические раскопки. Общая территория раскопок составила более 40000 квадратных метров, в ходе исследования был выявлен ряд археологических памятников, изучены культурные слои и сооружения неолита – раннего металла – средневековья, нового времени. Первый этап раскопок осуществляла под руководством Петра Сорокина, затем исследование продолжила группа под руководством Натальи Соловьёвой. Раскопки щедро финансировались и были хорошо оснащены в техническом плане. Обычно археологи начинают копать летом и заканчивают копать с наступлением осени, но в случае Охтинского мыса раскопки велись без остановки круглый год, зимой и летом. Для защиты от петербургской непогоды над раскопами были установлены огромные тенты, были помпы для откачки воды из раскопов, а в холодное время года для обогрева использовались термопушки, кроме того, не было недостатка в простой рабочей силе12.
Еще до окончания раскопок в обществе возникли идеи, что все археологические памятники, обнаруженные на Охтинском мысу должны стать музеем. Однако, планы археологов и общественных активистов по созданию на Охтинском мысу музея входили в некоторое противоречие с планами застройщика.
С 2011 года и по сей день продолжаются судебные разбирательства и тяжбы по поводу судьбы Охтинского мыса.
Следует отметить, что памятникам Охтинского мыса присвоен лишь статус «выявленных объектов культурного наследия». Такой статус является временным. Для того, чтобы окончательно поставить археологические объекты на Охтинском мысу под охрану, необходимо включение их в список объектов культурного наследия федерального значения (таков охранный статус всех памятников археологии в России).
Несмотря на несомненную ценность найденного памятника для археологии, мнения специалистов по поводу его дальнейшей судьбы разошлись. По мнению Петра Сорокина, окрестившего место раскопок «Петербургской Троей», археологический памятник уникален не только с научной, но и с экспозиционной точек зрения, территория имеет уникальную ценность для изучения не только истории Санкт-Петербурга, но и всей Древней Руси, а также Северной Европы. Ввиду этого он предлагает создать на месте раскопок археологический парк.
Однако, многие археологи и специалисты по музейному делу критически относятся к такой идее. Они указывают на сложность сохранения конструкций из древесины памятника в открытом виде во влажном петербургском климате. Кроме того, указывают на то, что памятника, по сути дела, уже нет, потому как он уничтожен в результате раскопок (когда археологи что-то раскапывают, они вместе с тем это и уничтожают), и что создание музея – археологического парка с неоригинальными экспонатами противоречит самой концепции сохранения культурного наследия.
Есть и ряд компромиссных предложений: Охтинский мыс должен осваиваться и застраиваться, но какую-то часть открытого памятника можно законсервировать.
