В Алма-Ате Толстопятов не раз совершал путешествия в горы, посещал тайные скиты, беседовал с местными пустынниками, мечтал остаться в горах и вести уединённый образ жизни. Но чекисты усмотрели в его действиях другой смысл. Монахов-пустынников обвинили в разведдеятельности и связи с зарубежьем. Отца Анатолия арестовали. Мудрость и твердость его ответов обезоружила чекистов, завела следствие в тупик, спасла жизнь многим монахам. Дело закрыли. Толстопятова освободили весной 1939 года, а всех, проходивших по его делу, осенью. Среди них был и Калижнюк.
Следователь вызвал его к себе, выдал документы и назвал адрес, по которому бывший заключённый Калижнюк должен будет явиться для назначения на работу. Оказалось, что Семёна Константиновича освободили по приказу Лаврентия Берии, который вспомнил про талантливого молодого инженера, лично представил его Иосифу Сталину и предложил назначить Калижнюка мастером на строительство Каттакурганского водохранилища в Узбекистане. Сталин кандидатуру одобрил, определил чёткие сроки, но… Завершить строительство помешала Великая Отечественная война.
Калижнюк ушёл на фронт, воевал на передовой. В 1943 году в отряде немногих избранных он охранял Тегеранскую конференцию лидеров трёх стран-союзников: Великобритании, США, СССР. В 1944 году, когда наиболее ценных специалистов стали отзывать с фронта для восстановления разрушенного хозяйства страны, вернулся домой и Калижнюк.
Началась череда его больших назначений в гидростроительстве. Но долго задерживаться на одной стройке не получалось. Только наладит Калижнюк дело, сколотит коллектив, приходит приказ о его переводе в другое место, где всё нужно начинать с нуля. Зная об этом, Семён Константинович всегда держал наготове тревожный чемоданчик, не обременял себя лишними вещами. Длинное кожаное пальто и сапоги были главным его достоянием. В таком виде он явился на приём к Сталину в 1951 году. В ту пору Калижнюк был директором Иркутской ГЭС и прилетел в Москву на личном самолёте ЛИ-2. Вместе с ним в кабинет Сталина были приглашены ещё несколько инженеров-гидростроителей, вид у которых был не лучше. Придирчиво оглядев вошедших, Сталин спросил Берию:
– Лаврентий, что у нас начальники ведущих строек мало получают?
– Три тысячи рублей, Иосиф Виссарионович.
– Я присваиваю каждому из них звание генерал-директора третьего ранга и назначаю персональный оклад в шесть тысяч рублей. Каждый из них получает новое назначение. Калижнюк поедет на строительство Каракумского канала в Туркмению.
Но и эту стройку Семёну Константиновичу не дали завершить. После введения в строй первой очереди Каракумского канала, в начале 1961 года Калижнюк отправился в Таджикистан на строительство Нурекской ГЭС. Советский Союз заявил, что в Пулисангинском ущелье будет возводиться плотина высотой в триста метров из материалов, имеющихся в районе Нурека и близлежащего месторождения – сая Саверфоб.
Стройка на Вахше привлекала внимание зарубежной прессы дерзостью и решимостью советских инженеров. В реализацию их замысла никто не верил. Зарубежные гидротехники высказывали самые мрачные прогнозы. Говорили о том, что земляные плотины и дамбы строились по всему миру с незапамятных времён, но высота их редко переваливала за сто метров. Гигантами считались плотина Макио в Японии высотой в сто шесть метров, плотина Сер-Понсон во Франции высотой в сто тридцать метров, а самой высокой называли плотину Орвилл в США, которая поднялась на отметку двести двадцать четыре метра. СССР решил установить новый мировой рекорд. Неслыханная дерзость. В зарубежной прессе началась шумиха. Американский инженер Людвелл Гордон заявил:
