Другим важным деянием вятского святителя стало прославление прп. Трифона Вятского, святые мощи которого были обретены, при личном участии владыки Ионы, в ночь на 3 июня 1684 г. при возведении в Трифоновом монастыре нового Успенского храма. О том, с каким смирением и благоговением перед святыней совершилось это событие, свидетельствовал его современник, вятский летописец:
«И июня против 3 числа, в 1 часу ночи, преосвященный Иона архиепископ того монасыря с архимандритом Александром, от собора священники ключарь Михаил да Иоанн Семенов, крестовой церкви священник Трифон Болшей да ризничный Иосиф Маренин, потщащася об обретении преподобного отца Трифона чюдотворца, бывша архимандрита тоя обители. Труждахуся землю копающее своими руками, идее же бе часовня над гробом преподобнаго. И в третьем часу, в три четверти часа, Божиим благоволением, обретоша мощи преподобнаго отца Трифона, Вятцкаго чюдотворца… И со псалмопением, со свещами и кандилы, пренесоша святые мощи в уготованную часовню, и по отпетии панихиды преосвященный архиепископ, со благоговейными отцы, в часовне втайне святые мощи свидетелствоваша, хвалу Трисвятому Богу со слезами воздающее: бяху же святые мощи изсохша в нетлении, ризы же его и схима невредимы, и на схиме подпись, яко на новой, преосвященный архиепископ прочитаху» (1, С. 61—62).
Мощи прп. Трифона были переложены в новую гробницу, а спустя пять лет, по окончании строительства Успенского собора, перенесены в храм, где, под спудом, пребывают поныне. По благословению святителя Ионы была составлена новая редакция Жития прп. Трифона и написана первая икона «начальника вятского монашества», список с которой владыка Иона благоговейно хранил в своей келье.
Продолжая труды прп. Трифона, преосвященный Иона благословил создание ряда монашеских обителей, в том числе в местах явления чудотворных икон, что способствовало их более широкому почитанию. Причем не только на Вятке, но также за ее пределами. Среди них Шерьинская Богородичная пустынь в Нытвенском районе Пермского края (1675); Верхокуринский Архангельский монастырь, в котором хранился образ Михаила Архангела на камне, обретенный близ села Курино (1676); Обвинский Верх-Язвинский монастырь в Соликамском уезде, где пребывала местночтимая икона Успения Пресвятой Богородицы (1686). В Орлове издавна почитался образ Спаса Нерукотворного («Спас болотный»), найденный в шести верстах от города. В 1693 г. владыка Иона положил начало строительству монастыря в честь этого образа, выбрал под него место и стал первым вкладчиком в новую обитель. Еще один храм в честь Нерукотворного образа Спасителя он благословил построить в Троицкой пустыни в селе Ульянове современной Республики Коми – последнем рубеже, которого достиг святитель Стефан Пермский в проповеди Христова Евангелия.
Среди обителей, основанных по благословению преосвященного Ионы: Котельничский Введенский девичий монастырь (1676), Кобрский (Закобрский) Введенский (1678), Пышакская Раифская пустынь (1691/92), Соликамский Преображенский женский (1687). При нем впервые упоминаются Оханная пустынь преп. Зосимы и Савватия Соловецких (1678), Кайгородский Спасский монастырь (1678), Сырьинская (Сырьянская) Сретенская пустынь (1678). При этом в новых монастырях святитель Иона стремился утвердить принципы общежительства, которые к тому времени были утрачены многими обителями.
