По этой публикации строитель Авраамий подал 13 сентября 1798 года отзыв в Сенат, чтобы решение Палаты оставить в своей силе, а условие, совершенное строителем Иосифом с гражданами города Козельска, уничтожить.
Правительствующий Сенат выслушал прошение о. Авраамия. Однако, и ввиду того, что от апелляторов отзыва в срок не подано, а от генерал-прокурора временного апелляционного департамента 12 марта 1800 года дан ордер обер-прокурору Можайскому, которым рекомендовано: дела, по которым все апелляторы отзывов не подали, а прислали одни довольные решением палат ответчики, перевершивать не следует, – было постановлено, что на основании сего ордера Сенату в рассмотрении сего дела более надобности нет. «Что же принадлежит до уничтожения уступки спорной земли от бывшаго той же Пустыни строителя Иосифа с братиею с платежом пустыни ежегодно по 60 рублей, то о сем просить ему, строителю с братиею, где следует особо (по надлежащему порядку в низших присутственных местах)».
16 сентября 1799 года по всеподданнейшему докладу Св. Синода открыта самостоятельная Калужская епархия.
С увеличением средств содержания обители увеличивалось и число братии: по спискам за 1800 год в ней состояло 18 человек, а за 1802 год – уже 26 человек.
Способности о. Авраамия были оценены калужским епископом Феофилактом. Ему поручено начальное устройство возобновляемого Малоярославецкого Черноострожского монастыря, «яко человеку в общежитии довольно обращавшемуся и сведующему в распоряжении строения общежительных монастырей».
Поручение было исполнено с успехом, и строителем возобновленного монастыря был определен иеромонах Оптиной Пустыни Мефодий.
В 1801 году о. Авраамий произведен был «за отличные услуги к общей пользе» в игумены Лихвинского Покровского монастыря с продолжением управления и Оптинским монастырем. Но вскоре по просьбе о. Авраамия преосвященный освободил его от управления Лихвинским монастырем.
Устрояя и поддерживая внутренний порядок монашеского общежития, о. Авраамий приступил к улучшению и внешнего вида Пустыни.
По представлению о. Авраамия, преосвященный Феофилакт, епископ Калужский, смотрел план каменной колокольни, предположенной к постройке вновь, и 2 января 1802 года сделал на плане надпись: «план колокольни с братскими кельями смотрел».
На фасаде также сделал надпись: «По сему фасаду каменную колокольню в Оптиной Пустыни строить благословляю. 2 января 1802 года. Феофилакт, епископ Калужский».
Колокольня трехъярусная в 30 сажень вышины; с обеих сторон пристроено по каменному флигелю для братских келий. Под колокольней сделан главный вход к Святым воротам. Колокольня и левый флигель окончены постройкой в 1804 году, а правый флигель в 1800 году.
В 1805 году начато построение больничной церкви с шестью кельями из материала, пожертвованного г. Камыниным.
Оба храма окончены постройкою одновременно, в 1811 году, и освящены в том же году преосвященным Евлампием (переведенным из Архангельска в Калугу 16 апреля 1809 году). Больничная церковь 26 августа, а Казанская – 23 октября.
Для братии, умножавшейся числом, построены вновь двухэтажные полукаменные флигеля: трапезный и настоятельский; все деревянное строение исправлено, и внутри монастыря разведен фруктовый сад.
Нравственные качества о. Авраамия привлекали к нему все большее и большее количество желающих посвятить себя на служение Богу. Между тем штаты 1764 года ограничивали число монашествующих в Пустыни только 7 монахами. Посему о. Авраамий, не желая отлучать из обители лиц, ищущих монашеской жизни, осмелился подать в Св. Правительствующий Синод прошение 21 июля 1808 года о прибавке к штату еще 23 монашеских вакансий. И указом Св. Синода 18 января 1809 года разрешено: «
