Наиболее упорное сопротивление румынам было оказано на юге Бессарабии, где также создавались отряды самообороны. 10 (23) января 1918 г. на экстренном заседании съезда крестьянских и рабочих депутатов городских самоуправлений Буджака, проходившем в Аккермане, было решено не признавать власти «Сфатул Цэрий» и бороться против оккупантов, вторгшихся на территорию Бессарабии. В Аккерманском уезде проводилась мобилизация. К вечеру 15 (28) января в Аккерман вступил отряд войск УНР, но на следующий день подоспевшие советские части вытеснили гайдамаков из города, отбросив их на 30—40 верст[86]. Получая подкрепления и боеприпасы из Одессы, защитники Аккермана смогли продержаться до начала марта 1918 г.
Разногласия в Измаильском Совете привели к тому, что оборону города возглавил Союз фронтовиков, насчитывавший несколько сот солдат и матросов порта. Когда 21 января (3 февраля) румыны подошли к Измаилу, то они были встречены пушечным и ружейным огнем. Сопротивление защитников города было упорным. Но оккупанты стали стягивать в Килийское устье Дуная к Измаилу суда и начали обстрел города со стороны реки. Четыре дня у Измаила и в городе шли бои, лишь 24 января (6 февраля) румынам удалось захватить город. Ворвавшись в город, оккупанты учинили расправу над теми его защитниками, которые не успели или не пожелали уйти[87]. Защитники Измаила отступили вниз по Дунаю к Килии, где также создавались отряды самообороны. Помощь местному населению в обороне города оказали румынские моряки. Организованные революционным комитетом во главе с Г. Строичем, румынские солдаты и рабочие 14—15 (27—28) января захватили военные и гражданские суда румынского флота, находившиеся здесь, подняли на них красные знамена и помогали в течение 10 дней оборонять город. 25 января (7 февраля), после того как город был захвачен оккупантами, его защитники ушли в Одессу.
Сильный отпор был дан оккупантам под Вилковом на Килийском гирле Дуная. Вечером 26 января (8 февраля) находившиеся в дозоре посыльные суда Дунайской флотилии обстреляли румынские посты в местечке Периправа. На следующий день румынские мониторы 2-й морской дивизии вели обстрел города и рейда, на котором находились транспортные суда. Канонерская лодка «К-15» открыла ответный огонь и в течение часа сдерживала натиск противника. За это время с рейда ушли вспомогательные суда, а другие канонерки заняли выгодные для стрельбы позиции. Огнем советских кораблей был поврежден один румынский монитор и сбит береговой корректировочный пункт, остальные корабли противника отошли вверх по Дунаю. 27—28 января (9—10 февраля) две русские канонерские лодки оказывали артиллерийскую поддержку отряду местной самообороны в Жебриянах. 30 января (12 февраля) в Вилково прибыл отряд из 200 балтийских моряков во главе с членом Верховной русско-румынской коллегии по румынским и бессарабским делам военмором А.Г. Железняковым. На следующий день был высажен десант на одном из островов в устье Дуная, что препятствовало использованию румынских кораблей и позволило организованно начать эвакуацию Вилкова. 15 февраля румынские части захватили Вилково, а Отряд речных сил Дуная начал переход в Николаев и Херсон. Из-за невозможности эвакуации на Дунае были оставлены подводная лодка № 3, речной заградитель «Одесса», тральщик «Юлия», 8 речных канонерок, посыльное судно и ряд вспомогательных судов
