Несмотря на угрозы Лжедмитрия, патриарх Иов отказался признать самозванца сыном Ивана Грозного и присягать мнимому царю, призывая народ сохранять верность законному государю. За это он был с позором и унижением низложен. Произошло это в кремлевском Успенском соборе в 1605 году. Во время Божественной литургии слуги Лжедмитрия ворвались в алтарь, святая святых собора. С патриарха сорвали святительские одежды, таскали по храму, всячески оскорбляли и унижали его.
В ответ Иов, сняв с себя панагию, положил ее перед священным образом Владимирской Богоматери и сказал: «Матерь Божия, спаси православие!» За нарушение присяги дому Годуновых, за убийство молодого царя Федора Борисовича первый Патриарх Московский и Всея Руси – патриарх Иов – наложил на бояр и весь русский народ патриаршую анафему. Сторонники самозванца одели на опального патриарха черную монашескую рясу и отправили на простой телеге в Старицкий Успенский монастырь.
У западной стены Успенского собора, справа от входа, стоит бронзовый шатер с ажурной решеткой. Эта сень была отлита в 1624 году Дмитрием Сверчковым в подражание пещеры Гроба Господня в Иерусалиме. Внутри нее был устроен символический Гроб Господень из священного дерева – кипариса. В следующем году в шатер поместили ковчег с частицей Ризы Господней, а в конце XVII века часть Ризы Пресвятой Богоматери, подаренную князем Василием Голицыным. Судьба Гроба Господня в настоящее время неизвестна, а под сенью находится золоченая рака (прежде она стояла рядом с шатром) с мощами св. патриарха Гермогена.
Патриарх Гермоген гневно обличал самозванца, требовал крещения польской «девки» – Марины Мнишек, категорически отказался признать русским царем королевича Владислава и благословил оба народных ополчения, которые шли освобождать Москву от поляков. Гермоген рассылал по городам и весям грамоты, в которых призывал к всенародному восстанию против иноземных захватчиков, за что был заточен поляками в темницу Чудова монастыря, где, по преданию, скончался от голода. Позже его святые мощи были перенесены в Успенский собор, где соорудили величественную гробницу, а в подклети соборного храма, где умер святитель, освятили храм.
Патриарх Гермоген видел причину бед России в предательстве ее законных правителей со стороны бояр и всего народа. Именно он освободил народ от Патриаршей анафемы, от всех клятв и обетов, которые он дал Лжедмитрию I. Торжественный обряд прощения состоялся в 1607 году в кремлевском Успенском соборе. Из Старицкого монастыря был привезен опальный, почти полностью ослепший, патриарх Иов, которому была передана покаянная челобитная от всех русских людей, в которой они умоляли простить их за все вольные и невольные грехи. Затем архидиакон зачитал всенародную челобитную и разрешительную патриаршую грамоту патриарха Иова, который прощал народ и сам просил у народа прощение, в том числе и за то, что в 1591 году не открыл правды об убийстве царевича Дмитрия. Через четыре месяца после принятия всенародного покаяния 77-летний патриарх Иов отошел в мир иной. Его рака находится у южной стены собора, недалеко от захоронения патриарха Гермогена.
Прославление патриарха Гермогена в лике святителей совершилось 12 мая 1913 года во время празднования трехсотлетия дома Романовых. Торжественное прославление происходило в Успенском соборе. Над гробом святителя была установлена рака из литого серебра, подаренная Николаем II, почитавшим патриарха Гермогена как одного из небесных покровителей царской семьи.
