За четыре года до смерти Асархаддон разделил империю между своими сыновьями – Ашшурбанипалом и Шамаш-шум-укином. Первый стал править Ассирией, второй – Вавилонией. После смерти отца оба принца приступили к исполнению обязанностей верховных правителей в своих областях. Хотя Шамаш-шум-укин и был царём Вавилонии, многие губернаторы не исполняли распоряжения, официально не подтверждённые Ашшурбаннипалом, царём Ассирии, так как они подчинялись именно ему. Сложившееся двоевластие сначала никому не мешало, поскольку давний недружественный сосед Элам снова стал проблемой для страны.
Ассирийцы захватили Элам в 655 г. до н.э. и поставили там «своего» царя. Как только угроза со стороны Элама была устранена, Шамашшум-укин начал готовить заговор. Вместе с «ассирийским» царём Элама в 652 г. до н.э. вторгшимся на север Вавилонии Шамаш-шум-укин начал мятеж, окончательно подавить который удалось только через четыре года. Элам, однако не успокоился и между 642 и 639 до н.э. ассирийцы прошли всю страну, опустошая её. Важным событием этого похода стало возвращение богини Наны из Урука, которую эламиты захватили полтора тысячелетия назад.
Враждебные отношения Вавилонии и Элама – пример, иллюстрирующий тезис об интронизации угрозы. Соперничая за господство в регионе обе страны интронизировали угрозу II рода, исходящую от соседа. Даже тогда, когда Вавилония стала частью Ассирии, претензии Элама к ней остались. Вавилония, ранее выигравшая в этом соперничестве, менее остро воспринимала угрозу и даже привлекала Элам для борьбы с другой, тоже давно интронизированной, угрозой II рода со стороны Ассирии, будучи уверенной, что ей удастся сохранить превосходство над Эламом. Угроза со стороны Ассирии в понимании мироустройства вавилонян была значительно смягчена в правление Асархаддона, но никуда не делась, поскольку при первой же возможности Вавилония стремилась отделиться от Ассирии. Это стремление подпитывалось сознанием жителей Вавилонии, в понимании мироустройства которыми хранились «для чего?» и «как доступно?» собственной модели государства времён Хаммурапи и вскоре им представилась возможность снова обратиться к ней.
Проблемы на северных границах Ассирии и усиление Мидии привели к тому, что страна потеряла источники, из которых в неё поступали металлы и лошади, а также пряности и драгоценности из Индии. Потеря контроля над торговыми путями всегда была для Ассирии экзистенциальной проблемой. Не стал исключением и этот период. После смерти Ашшурбаннипала в стране началась смута, в результате которой Набопаласар (626—605 до н.э.), стал сначала царём Вавилонии, а затем и всей Ассирии. Его сын, Навуходоносор II (605—562 до н.э.), стремился вернуть контроль над торговыми путями и постоянно сталкивался с Египтом в борьбе за финикийское и киликийское побережье. Это было тем более актуально, что вавилонские порты постепенно умирали.
Эффективная система управления государством, созданная ассирийцами, помогла Вавилонии в короткий срок возродить империю. При Навуходоносоре II нововавилонская империя выглядела даже сильнее ассирийской. Основы ассирийской административной политики не изменились, т.е. изменилась не модель государства, а только её воплощение.
Во время смуты местные власти и жречество получили большие полномочия. Усилению жречества способствовала модель государства в Вавилонии. Если в Ассирии царь благословлялся на правление один раз, то в Вавилонии это происходило ежегодно, что давало им возможность серьёзно влиять на принимаемые решения. Кроме того, почти все земли Вавилонии принадлежали главному храму Урука, сохранившиеся свидетельства, относящиеся к нововавилонскому периоду, преимущественно касаются храмовой торговли, а царь через специального храмового чиновника получал в своё распоряжение долю храмовых доходов.
