В ответ на это стрельцы и солдаты «сели в осаду» по всему городу, окружив царский двор и государственные учреждения. С этого момента они оказались втянутыми в борьбу дворцовых партий Нарышкиных и Милославских – родственников первой жены Алексея Михайловича М. И. Милославской. Ситуация в городе осложнилась из-за распространившихся слухов об убийстве Нарышкиными старшего сводного брата Петра царевича Ивана Алексеевича, сына Алексея Михайловича от первого брака. 15 мая стрельцы ворвались в Кремль, чиня грабежи и расправы над сторонниками Нарышкиных. На Красную площадь стали стекаться москвичи из черных слобод. Толпа стрельцов и горожан разгромила Холопий и Судный приказы и уничтожила все хранившиеся в них документы. 15–17 мая казнены бояре – князья Ю. А. и М. Ю. Долгорукие, князь Г. Г. Ромодановский, А. С. Матвеев, И. К. и А. К. Нарышкины, которых считали повинными в злоупотреблениях.
Москва оказалась в руках восставших, выставивших караулы по всему городу. Город начали покидать дворяне и приказные люди. 26 мая Земский собор по требованию восставших провозгласил Ивана V Алексеевича «первым», а Петра I – «вторым» царем; 29 мая правительницей при двух несовершеннолетних государях стала их сестра Софья Алексеевна.
26 мая с челобитьем к правительству обратились холопы, требовавшие отменить свою зависимость. Однако их надежды на поддержку со стороны стрельцов не оправдались; выступление холопов было подавлено. Пользуясь шоковым состоянием центральной власти, стрельцы добились расширения своих прав и привилегий. 6 июня на Красной площади соорудили четырехгранный столп, на котором были прибиты медные листы с текстом соответствующей царской грамоты.
Составной частью восстания стал «раскольничий мятеж». В конце июня приверженцы «старой веры» во главе с Никитой Пустосвятом потребовали устроить публичные прения о вере с патриархом Иоакимом. Прения состоялись 5 июля в Грановитой палате в присутствии царевны Софьи. Несмотря на то, что диспут окончился безрезультатно, сторонники Никиты Пустосвята вышли из палаты с криками «Победихом!». В последующие дни правительству Софьи угрозами и лестью удалось привлечь на свою сторону часть стрельцов. 11 июля Никита Пустосвят был схвачен и казнен.
После некоторого затишья, 20 августа, стрельцы подали новую челобитную о взыскании 100 тыс. руб. «подможных денег» с дворцовых сел, но получили решительный отказ. Ввиду обострения обстановки двор 20 августа покинул Москву. Стрельцы настороженно следили за перемещениями Софьи и ее приближенных из Москвы в Коломенское, затем в Воробьево, Павловское, Саввино-Сторожевский монастырь под Звенигородом, снова в Павловское, в Хлябово на реке Икша, на Троицкую дорогу, в Воздвиженское близ Троице-Сергиева монастыря. По приказу Софьи 16 сентября в Воздвиженское в сопровождении 70 стрельцов выехал Хованский, фактически управлявший всеми делами в Москве. 17 сентября, в день тезоименитства Софьи, ее сторонники перехватили князя у села Пушкино и доставили в Воздвиженское, где шло праздничное застолье. И. А. Хованскому и его старшему сыну Андрею предъявили перечень явных и мнимых прегрешений и приговорили к смерти. В тот же день отец и сын были казнены без утверждения приговора государями.
Собранные по приказу Софьи дворянские полки начали окружать Москву. Между стрельцами начались распри по поводу дальнейших действий. В конечном счете, они согласились на предложенную Софьей амнистию на условиях: впредь мятежей не заводить, выдать зачинщиков, повиноваться начальству, не укрывать в своих рядах беглых крестьян. 8 октября в Успенском соборе Кремля стрельцы торжественно приняли соответствующую царскую грамоту. 3 ноября снесли столп на Красной площади. 6 ноября двор вернулся в Москву. Указом от 30 декабря 1682 г. 12 из 19 стрелецких полков выведены из Москвы.
