В заповеднике запрещены всякая хозяйственная деятельность, охота, рыбалка, сбор грибов и трав. Его территория за исключением поселка Яйлю и водопада Корбу недоступна для посещения. Природу здесь старались сохранить в неприкосновенном виде и в ту недавнюю эпоху, когда она считалась врагом человека, стараются и сейчас, когда она является восполнимым ресурсом.
Но даже охрана границ и запрет хозяйственной деятельности в наше время не могут гарантировать чистоту местных рек и почвы. Бассейны Чульчи, Кыги и Кайры давно находятся в зоне падения отделяющихся частей ракетоносителей «Протон-М», запускаемых с космодрома Байконур. В тайге часто приходилось видеть участки, обильно замусоренные из космоса. До недавнего времени в заповеднике можно было встретить и неразорвавшиеся огромные «бочки» – топливные баки для ракетного топлива гептила, который является сильным ядом.
Несколько лет назад явно видимый мусор был собран, свежие «бочки» распиливаются и вывозятся вертолетами, что, однако, не препятствует загрязнению земли и воды ядовитым топливом.
Охотятся в заповеднике местные жители, заходят браконьеры с территории Тувы, переваливая через хребет. В южной части, в районах высокогорной тундры, заезжают и на машинах. Без мощной государственной поддержки охрана территории держится практически на подвижничестве работников заповедника, совершающих трудные многодневные выходы в тайгу.
Сильно вырос за последние годы и туристический прессинг. Горный Алтай посещают больше миллиона туристов в год. Знаменитое Телецкое озеро является одной из главных достопримечательностей Горного Алтая, а между тем весь его восточный берег относится к территории заповедника.
Неконтролируемый приток туристов уже сказался на чистоте вод Байкала, главного на планете хранилища пресной воды. Самодеятельные базы отдыха и отдыхающие за последние годы нанесли озеру урон не меньший, чем печально знаменитый Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат и действия гидроэнергетиков. Стремительное распространение нитчатой водоросли спирогиры, которая губит экосистему «славного моря», по словам экологов связано с загрязнением воды канализационными стоками турбаз, моющими средствами и бытовыми отходами туристов, иначе говоря, является результатом превращения Байкала в туристический бренд без создания правильной инфраструктуры.
А Телецкое озеро во много раз меньше Байкала.
В 1998 году заповедник объявлен объектом Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. Однако его лучшие времена все же остаются в прошлом, в 70-80-х годах, когда главную усадьбу и кордоны оснастили дизельными электрогенераторами, построили новые дома, вертолеты забрасывали в тайгу патрульные группы и регулярно залетали на отдаленные кордоны иногда только лишь для того, чтобы скинуть лесникам выписываемые газеты или журналы. Активно велась научная работа.
Жизнь на кордонах или в центральной усадьбе перестала быть чем-то экстремальным, требующим самоотречения, и сюда потянулись работать романтики из городов.
В восьмидесятых практически ежедневно в контору заповедника приходили письма со всех уголков Советского Союза с вопросами о возможности устроиться на работу. Приток молодых ребят, жаждущих сибирской экзотики, жизни на природе и таежных походов, был необычайно велик. Большинство уезжало в первые месяцы, девять из десяти – после года работы, но некоторые оставались навсегда, а штат заповедника всегда был забит под завязку.
