Хотя с переходом в лагерь восставших дезертировавших военных общий уровень сопротивления качественно вырос («вместо коктейлей появились автоматы»), командование «Свободной сирийской армии» и местные лидеры многочисленных «батальонов» и «бригад» не могли эффективно сопротивляться правительственным войскам. Давала о себе знать разобщенность. Всего в Дейр эз-Зоре на конец 2012 года действовало до 20 вооруженных организаций и групп13. Созданный вроде бы как для того, чтобы координировать действия повстанцев местный «Революционный совет» занимался в основном гуманитарными вопросами, а в дела военных не лез. Все это негативно влияло на эффективность боевых операций. Все большее внимание повстанцев стали привлекать небольшие группы хорошо дисциплинированных и обученных бойцов радикальных религиозных организаций (в особенности «Джабхат ан-Нусры»). Поначалу эти люди старались не вмешиваться во внутренние разборки в городе. Радикалы втихую собирались на окраинах, создавали свои лагеря в сельской местности, копили оружие и тренировали иностранных добровольцев. Иногда, по просьбе повстанцев, помогали им в операциях. В бою радикалы были на голову выше кадровых военных, давал о себе знать опыт войн в Афганистане и Ираке. Это не могло не привлекать других. Очень хорошо процесс перехода власти к радикалам описал один из бывших бойцов «ССА», позже ставший местным командиром отряда «Джабхат ан-Нусры». Когда перед отрядом «ССА» была поставлена задача выбить правительственных солдат из бывшей швейной фабрики в Мухасине, небольшом городке южнее Дейр эз-Зора, они вначале попытались сделать это самостоятельно.
«Имея 200 бойцов и атакуя с разных сторон мы не могли даже ранить засевших там солдат. Потратили впустую на боеприпасы 1, 5 млн. сирийских фунтов».
После нескольких неудачных попыток, бойцы «ССА» обратились к находившимся неподалеку бойцам «Аль-Каиды» за помощью. Те особо не раздумывая вызвали из Дамаска «специалиста по разблокированию», который всего за 100 тыс. сирийских фунтов (в 15 раз дешевле) соорудил бомбу – грузовик с 2 тоннами взрывчатки. Группа из 10 солдат (в 20 раз меньше) смогла провезти грузовик на фабрику и удаленно подорвать его. Солдаты бежали из Мухасина.
«У „Аль-Каиды“ есть опыт в военном деле, и они знают, как его использовать. „ССА“ не имеет не правил, не военного или религиозного порядка. Все происходит хаотично. „Аль-Каида“ имеет закон, который никто, даже эмир, не может нарушить. У „ССА“ не хватало способностей к планированию и военного опыта. Все это может дать „Аль-Каида“. У нее есть организация, о которой знают во всем мире»14.
В условиях хаоса и неразберихи, именно религиозных фанатизм бойцов, по словам командиров «ССА», стал тем инструментом, который позволил внести порядок и дисциплину в ряды повстанцев.
«Они (бойцы „Аль-Каиды“) очень убежденные. Они подчиняются своему командиру и никогда не спорят. В „ССА“, если у тебя есть 10 человек, они как правило делятся на три группы. Бойцы Аль-Каиды наоборот, используют время для полезных вещей, даже бытовые хлопоты разделяя поровну».
В течение осени 2012 – осени 2013 года повстанцы вели бои в Дейр эз-Зоре, постепенно оттесняя силы «САА» на территорию военного аэродрома. Успешные боевые действия велись на окраинах. Повстанцам постепенно удалось взять под свой контроль все основные нефтяные месторождения в провинции. На этом фоне все большее влияние в городе получают радикалы. В Дейр эз-Зоре действовало сразу несколько исламистских отрядов, от условно умеренных из «Ахрар аш-Шам» или «Ахад ар-Расуль» до радикалов из «Джабхат ан-Нусры». Последняя была активна не только в городе, но и на окраинах, где в изобилии использовала атаки смертников, подрывы, засады и т. д. Упор на пригороды избавил радикалов от необходимости участвовать во внутригородских политических разборках и позволил быстро взять под контроль обширные территории, включая и некоторые нефтяные месторождения.
