Григорий бежит из монастыря, объявив, что будет «царём на Москве». Об этом докладывает игумен Чудова монастыря патриарху. Патриарх отдаёт приказ поймать беглеца и навечно сослать его в Соловецкий монастырь на вечное поселение.
Царские палаты. Входит царь Борис. Его гнетут тревожные думы. Шестой год он царствует, но ни власть, ни жизнь ему не в радость, мучит совесть: «Да, жалок тот, в ком совесть нечиста».
Корчма на литовской границе. Переодетый в обычное платье Григорий Отрепьев ужинает с бродягами Мисаилом и Варламом. Он расспрашивает у хозяйки дорогу на Литву. Входят приставы, у них царский указ с приметами Отрепьева, которого велено изловить и поместить под стражу. Григорий вызывается прочесть указ и, читая его, подменяет свои приметы приметами Мисаила (за 50 лет, большой живот, лысина). Когда обман раскрывается, он, угрожая ножом, сбегает от приставов.
Царские палаты. Борис узнает от Шуйского о самозванце, который выдает себя за Димитрия, а живет в Кракове при дворе, и «король и паны за него». Взволнованный Годунов расспрашивает Шуйского, исследовавшего это дело в Угличе тринадцать лет назад. Успокаивая Бориса, Шуйский подтверждает, что видел убитого царевича, но также упоминает и о нетленности его тела – он посещал труп царевича в соборе три дня, и мертвец выглядел спящим, лик его был ясен и свеж.
Краков. В доме Вишневецкого Григорий (Самозванец) сулит своим будущим сторонникам то, что каждому нужно.
В замке воеводы Мнишка беглый монах влюбляется в дочь воеводы, прекрасную Марину. Он признается ей во всем, так как не желает «делиться с мертвецом любовницей». Но Марина не нуждается в любви беглого монаха, все её помыслы направлены к московскому трону. Оценив «дерзостный обман» Самозванца, она резкими словами растравляет в нем чувство собственного достоинства, и он даёт ей гордую отповедь, называя себя Димитрием.
16 октября 1604 г. Самозванец с полками у литовской границы. Он понимает, что зарвался в жажде мщения, и теперь на родную землю под его предводительством идут враги. Он успокаивает совесть: «Но пусть мой грех падёт не на меня – А на тебя, Борис-цареубийца!»
На заседании царской думы речь идёт о том, что Самозванец уже осадил Чернигов, а самое страшное, что слух о Самозванце вызвал «тревогу и сомненье», «на площадях мятежный бродит шёпот». Шуйский вызывается самолично успокоить народ, раскрыв «злой обман бродяги».
21 декабря 1604 г. войско Самозванца одерживает победу над русским войском под Новгород-Северским.
Площадь перед собором в Москве. В соборе только что закончилась обедня, где была провозглашена анафема Григорию, а теперь поют «вечную память» царевичу Димитрию. На площади толпится народ, у собора сидит юродивый Николка. Мальчишки его дразнят и отбирают копеечку. Из собора выходит царь, и Николка жалуется ему: «Николку маленькие дети обижают ‹…› Вели их зарезать, как зарезал ты маленького царевича». А потом, в ответ на просьбу царя молиться за него, бросает ему вслед: «Нет, нет! нельзя молиться за царя Ирода – Богородица не велит».
Войско Лжедимитрия начисто разбито у Севска, но он вновь собрал силу и угрожает уже с другой стороны. Борис хочет поставить воеводой Басманова. Однако внезапно его поражает недуг: «На троне он сидел и вдруг упал – / Кровь хлынула из уст и из ушей».
Умирающий Борис просит его оставить наедине с царевичем. Горячо любя сына и благословляя его на царствование, Борис стремится всю полноту ответственности за содеянное взять на себя: «Ты царствовать теперь по праву станешь. Я, я за все один отвечу Богу…»
