В южных губерниях внимание владыки вызывали проблемы борьбы с ересями и сектами, широко распространившимися в те годы. В Херсонской губернии, например, еще в XVIII веке возник русский штундизм, при вере в Бога отрицавший Церковь. Правительство действовало не всегда умело в борьбе со штундой и другими угрозами, подчас пренебрегая мнением Церкви. Так, на основании распоряжений Николая I в 1836 году и 1841 году в Херсонскую губернию переселили более 2 тысяч евреев, освобожденных на 25 лет от налогов и рекрутского набора. После беседы в декабре 1845 года Николая I с папой Римским Григорием XVI в августе 1847 года был заключен конкордат (соглашение) между царским правительством и Католической Церковью, которая получала возможность открыть в России седьмую епархию – на юге, в Херсоне. Архиепископ Иннокентий в своем докладе обер-прокурору
Святейшего Синода графу Н. А. Протасову выразил недоумение по поводу такого решительного шага, о котором его даже не поставили в известность заблаговременно, что было неудивительно при синодальной системе церковного управления (158, т. 1, с. 302, т. 2, с. 488). В то же время власть считалась с мнением ученого архиерея и привлекала его к государственной деятельности. Например, именно архиепископ Иннокентий для Свода законов Российской империи составил раздел «О браке», опираясь как на церковные каноны, так и на свое знание крестьянской жизни. Профессор А. В. Никитенко, описывая в своем дневнике выпускной акт в Санкт-Петербургском университете в 1949 году, особо отмечает: «На акте было довольно много посетителей, много высшего духовенства, в том числе… знаменитый Иннокентий» (97, т. 1, с. 520).
На юге страны святитель Иннокентий столкнулся со сложными проблемами братьев по вере – греков и болгар, живших под властью турок. Благодаря его инициативе в Константинополе был воздвигнут православный храм для болгар, а в Одессе он создал болгарское подворье, благодаря чему выросла эмиграция болгар из Османской империи. Болгар и греков, по его распоряжению, принимали в Херсонскую духовную семинарию. «За большие труды для пользы Греческой Церкви в трудные годы ее бытия» архиепископ Иннокентий был награжден греческим орденом Спасителя 1-й степени – это был единственный случай награждения российского подданного этим орденом.
Преосвященный Иннокентий проповедовал почти за каждым своим богослужением. Его проповеди, не отличаясь оригинальностью и смелостью мысли, тем не менее по-прежнему производили глубокое впечатление на слушателей. Появляются их издания на французском, немецком, польском, сербском, греческом и армянском языках.
В 1853 году Россия оказалась втянутой в Крымскую (Восточную) войну. Видимым поводом для решительных действий императора Николая I послужил спор с Османской империей за права балканских христианских народов, находившихся под властью турок, а также с Францией – за контроль над Святыми местами в Иерусалиме. В действительности же русский император возомнил себя вершителем судеб Европы и вознамерился покончить с «больным человеком Европы», с Османской империей, в результате чего Россия должна была получить контроль над Константинополем и черноморскими проливами, а болгары, сербы, черногорцы – полную государственную самостоятельность. Но Николай I просчитался. Европейские страны опасались России и не желали ее усиления. Они поддержали турецкую сторону против России, вследствие чего наша страна в одиночку столкнулась с вражеской коалицией. Положение усугубляла значительная экономическая отсталость России, еще сохранявшей крепостное право. Отставание от Запада было ощутимо также в вооружении, снабжении и организации войск русской армии. Боевые действия начались на берегах Дуная, а в 1854 году были перенесены на территорию Российской империи: 13 сентября англо-франко-турецкая армия высадилась на побережье Крыма возле Евпатории.
