Крушение князя тут же отозвалось на положении владыки Филарета. 8 июня митрополит Петербургский Серафим сообщил на заседании Святейшего Синода о запрете Александром I распространения отпечатанного на русском языке Пятикнижия (первых пяти книг Библии). Несколько тысяч экземпляров книги были сожжены на кирпичном заводе Александро-Невской Лавры (202, с. 41, 117). Позднее было запрещено и само Библейское общество, Четвероевангелие на русском языке изъято из книжных лавок, запрещен филаретовский Катехизис (названный архимандритом Фотием «канавною водою»), а некоторые его проповеди признаны «неправославными». Противники в полной мере использовали методы запретительные, хотя сам святитель предпочитал бороться с мистическими уклонениями пастырским словом, основанным на знании и проникнутым духом любви.
Потрясение владыки Филарета оказалось велико. В проповеди, произнесенной 12 июня 1824 года в Волоколамске, он позволил себе высказаться: «… какой бы ты ни предпринял благочестивый подвиг, в какой бы ни начал упражняться добродетели, не изменяй принятому однажды благому намерению; и хотя бы предстояли тебе препятствия, хотя бы казалось тебе, что успех не соответствует ожиданию твоему, не отчаивайся, не малодушествуй; и напротив того, хотя бы показалось тебе, что ты довольно успел в добром деле и подвиге, не обленяйся, не будь беспечен… в трудности подвига уповай на Господа и паки терпи о Господе» (179, т. 2, с. 168).
Для него столь резкий поворот императора был тем более неожиданным, что всего год назад, в июле 1823 года, он был допущен к сокровенным делам царской семьи. По распоряжению императора архиепископу Филарету было поручено составление в глубокой тайне манифеста о переходе прав на российский престол от цесаревича Константина Павловича (женившегося на польке Иоанне Грудзинской) к великому князю Николаю Павловичу. В Каменноостровском дворце владыка представил свой проект Александру I и предложил помимо основного текста составить три заверенные копии этого важнейшего государственного акта для хранения в Государственном Совете, Сенате и Святейшем Синоде. Основной текст, подписанный императором, 29 августа владыка Филарет сам положил в ковчег с государственными актами в алтаре Успенского собора Московского Кремля.
Прямо и открыто защищая Библейское дело, он недоумевал перед лукавством и слабостью царя. Не менее огорчительным виделось и поведение митрополита Серафима. Печальная ирония ощутима в письме владыки Филарета от 8 декабря 1824 года к митрополиту: «Если сомнительно православие Катехизиса, столь торжественно утвержденного Святейшим Синодом, то не сомнительно ли будет православие самого Святейшего Синода?» (цит. по: 202, с. 86). Спустя несколько лет снимут запрет на филаретовский Катехизис, который более чем на столетие станет общедоступной системой православного богословия, но дело Русской Библии остановится на сорок лет.
Святитель Филарет отступает, но не отказывается от своих целей, более того, гласно осуждает своих гонителей. 12 февраля 1825 года в проповеди, произнесенной в кафедральном Пудовом монастыре, он сказал: «… если ты чтишь достоинство учителя, установленное в Церкви Христовой, то не должен ты своевольно вторгаться на место учительское или легкомысленно бегать за учителями, которых никто не поставил… но должен в кротости и послушании проходить звание ученика евангельского под руководством поставленных от Бога и Церкви учителей, страшась быть учителем и сам для себя, а тем более, без высшего призвания, руководствовать других или переучивать учителей, от Бога и Церкви поставленных» (179, т. 2, с. 362).
