Позднее Виниус построил также железоделательный завод на реке Ваге в Шенкурском уезде в Архангелогородской губернии.
В 1646 году Виниус перешел в подданство русского государства, принял православную веру и получил московское дворянство.
Андрей Денисович был женат дважды. От первой жены, фризки по национальности, у него был сын Андрей. Андрей Андреевич с самого раннего детства учился говорить на двух языках как на родных – русском и голландском. Еще молодой человек изучил латинский язык, которому он позднее обучал молодого царя Петра I. Благодаря добротному домашнему образованию он также знал другие иностранные языки: немецкий, древнегреческий, английский. Юноша изучал географию и богословие, черчение, математику и химию. Он был одним из самых образованных людей своего времени. Сначала он воспитывался в семье в духе традиционного для родной страны родителей Нидерландов кальвинизма. Однако поскольку семья решила навсегда остаться в России, в 1655 году в Москве сам патриарх Никон крестил молодого Виниуса, как и его отца, в православие.
На государственную службу Андрея Андреевича взяли в 1664 году. Он получил должность переводчика в значительном Посольском приказе. В 1672 году он был отправлен уже послом за границу. После возвращения в Москву молодого Виниуса пожаловали в московские дворяне. В это время его поставили во главе русского почтового ведомства, им он управлял в течение 25 лет. В конце 1675 года Виниус возглавил работу созданных еще в 1665 году так называемых «заморских почт» (международных почтовых линий) Московского государства. Ему удалось заключить ряд договоров с иностранцами о доставке русской почты за границу. Эта «заморская почта» – «Рижская почта» – связывала Москву с Ригой. Ее деятельность при Виниусе была значительно улучшена. В 1667 году Почтовым приказом была основана еще и другая линия – «Виленская почта»: из Москвы через Смоленск до тогдашней литовской границы, а дальше в Вильну.
Только в 1693 году Андрей Виниус, будучи уже престарелым, добровольно сложил свои полномочия по управлению почтовыми делами. Их возглавил тогда его сын – М.А. Винниус.
Еще во времена царя Ивана Грозного стало понятно, что, как говорится, «могущество России будет прирастать Сибирью». Это на долгие годы определило политику русских правителей. Для освоения новых просторов в 1637 году был учрежден Сибирский приказ. Но Москве трудно давалось управление Сибирью. Чаще всего ее отдавали на откуп назначенным воеводам, а они, устроившись в немногих городах, заботились не о развитии богатейшего края, благополучии населения его и не о пополнении государственной казны, а только о величине собственной прибыли. В 1697 году Андрей Виниус был поставлен во главе очень трудного Сибирского приказа. Его должность была – статс-секретарь по делам царства Сибирского. Андрей Андреевич Виниус постепенно установил через своих тайных агентов постоянный строгий надзор за всеми воеводами. Им грозило за злоупотребления наказание кнутом, лишение имущества и даже жизни. Он добивался перемены воевод. Из одной из отдаленных сибирских областей после смены в ней воеводы государство стало получать в год 10 тысяч вместо 600 рублей.
В 1698 году, возглавляя Сибирский приказ и выполняя распоряжение Петра I, по старой памяти думный дьяк А.А. Виниус организовал вполне регулярную доставку писем в Сибирь.
